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- PDB-2p6v: Structure of TAFH domain of the human TAF4 subunit of TFIID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6v
タイトルStructure of TAFH domain of the human TAF4 subunit of TFIID
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 4
キーワードTRANSCRIPTION / ALPHA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFTC complex / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / aryl hydrocarbon receptor binding ...transcription factor TFTC complex / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / aryl hydrocarbon receptor binding / MLL1 complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of DNA repair / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / ovarian follicle development / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / male germ cell nucleus / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TAFH/NHR1 domain / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...TAFH/NHR1 domain / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histone-fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, X. / Truckses, D.M. / Takada, S. / Matsumura, T. / Tanese, N. / Jacobson, R.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Conserved region I of human coactivator TAF4 binds to a short hydrophobic motif present in transcriptional regulators.
著者: Wang, X. / Truckses, D.M. / Takada, S. / Matsumura, T. / Tanese, N. / Jacobson, R.H.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7472
ポリマ－12,6511
非ポリマー961
水70339
1
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,48412
ポリマ－75,9086
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+3/21
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+3/21
crystal symmetry operation12_556x,x-y,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)74.852, 74.852, 131.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-700-

SO4

21A-31-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TBP-associated factor 4 / Transcription initiation factor TFIID 135 kDa subunit / TAFII / 135 / ...TBP-associated factor 4 / Transcription initiation factor TFIID 135 kDa subunit / TAFII / 135 / TAFII-135 / TAFII135 / TAFII-130 / TAFII130


分子量: 12651.351 Da / 分子数: 1 / 断片: TAFH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF4, TAF2C, TAF2C1, TAF4A, TAFII130, TAFII135 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: O00268
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Crystals of methylated hTAF4-TAFH containing SeMet were grown by hanging drop vapor diffusion at 22 C by mixing equal volumes of protein solution and crystallization buffer (200 mM ammonium ...詳細: Crystals of methylated hTAF4-TAFH containing SeMet were grown by hanging drop vapor diffusion at 22 C by mixing equal volumes of protein solution and crystallization buffer (200 mM ammonium acetate, 2.2 M ammonium sulfate and 150 mM sodium bromide). , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9797, 1.0199
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
21.01991
反射解像度: 2→65.94 Å / Num. all: 15659 / Num. obs: 15423 / % possible obs: 98.49 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2184 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.843 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24835 786 5.2 %RANDOM
Rwork0.21402 ---
all0.214 15659 --
obs0.21567 15423 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.387 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.71 Å21.36 Å20 Å2
2--2.71 Å20 Å2
3----4.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数776 0 5 39 820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3432.0561069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16731774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.569596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87225.15233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6915116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.37155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.3199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.3793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2130.5391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1680.5493
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.557
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.36
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4330.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it13.175607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.5645193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.6613790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it16.1834324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.2672279
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 50 -
Rwork0.342 1018 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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