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- PDB-3ozm: Crystal structure of enolase superfamily member from Bordetella b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ozm
タイトルCrystal structure of enolase superfamily member from Bordetella bronchiseptica complexed with Mg, m-Xylarate and L-Lyxarate
要素Putative mandelate racemase
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta Barrel / enolase superfamily member / function unknown / slow substrate m-Xylarate / m-Xylarate Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...: / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-xylaric acid / L-arabinaric acid / Mandelate racemase / Putative mandelate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of enolase superfamily member from Bordetella bronchiseptica complexed with Mg, m-Xylarate and L-Lyxarate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative mandelate racemase
B: Putative mandelate racemase
C: Putative mandelate racemase
D: Putative mandelate racemase
E: Putative mandelate racemase
F: Putative mandelate racemase
G: Putative mandelate racemase
H: Putative mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,12534
ポリマ-339,5698
非ポリマー2,55626
41,8312322
1
A: Putative mandelate racemase
F: Putative mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3937
ポリマ-84,8922
非ポリマー5015
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area27760 Å2
手法PISA
2
B: Putative mandelate racemase
E: Putative mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5779
ポリマ-84,8922
非ポリマー6857
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area27700 Å2
手法PISA
3
C: Putative mandelate racemase
G: Putative mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,66910
ポリマ-84,8922
非ポリマー7778
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
4
D: Putative mandelate racemase
H: Putative mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4858
ポリマ-84,8922
非ポリマー5936
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27840 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35480 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area88270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.175, 134.335, 146.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Putative mandelate racemase


分子量: 42446.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB4687 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WEE8, UniProt: A0A0H3LT39*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 2348分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-DXL / D-xylaric acid / m-Xylarate / D-キシラル酸


分子量: 180.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C5H8O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-LY9 / L-arabinaric acid / L-Lyxarate / L-アラビナル酸


分子量: 180.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C5H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2322 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 5000, 0.1M Hepes, 5% tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→38.999 Å / Num. all: 439058 / Num. obs: 439058 / % possible obs: 95.43 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→38.999 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2217 22026 5.02 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.1926 439058 --
obs0.1926 439058 95.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.073 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8328 Å20 Å25.5961 Å2
2---2.2202 Å2-0 Å2
3----0.6125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23629 0 164 2322 26115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03233850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5299044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.36274700.32249157X-RAY DIFFRACTION63
1.6182-1.63720.33695470.322210050X-RAY DIFFRACTION69
1.6372-1.65720.3415860.321510948X-RAY DIFFRACTION75
1.6572-1.67820.33436180.321611893X-RAY DIFFRACTION82
1.6782-1.70020.33316780.316612985X-RAY DIFFRACTION89
1.7002-1.72350.33047390.301213646X-RAY DIFFRACTION94
1.7235-1.74820.30467180.295914262X-RAY DIFFRACTION98
1.7482-1.77430.31987720.287214387X-RAY DIFFRACTION99
1.7743-1.8020.30077410.26714442X-RAY DIFFRACTION100
1.802-1.83150.28337760.257614490X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.86310.29047360.249314558X-RAY DIFFRACTION100
1.8631-1.8970.27747710.226814491X-RAY DIFFRACTION100
1.897-1.93350.25967960.218614462X-RAY DIFFRACTION100
1.9335-1.97290.24757830.206414421X-RAY DIFFRACTION100
1.9729-2.01580.22987850.197514460X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.06270.23718130.196414451X-RAY DIFFRACTION100
2.0627-2.11430.23397570.184214541X-RAY DIFFRACTION100
2.1143-2.17150.2257520.182614456X-RAY DIFFRACTION99
2.1715-2.23540.20427520.171214515X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.30750.22677680.177414501X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.390.23167570.170814544X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.48560.22097350.176314618X-RAY DIFFRACTION100
2.4856-2.59870.21327700.173814552X-RAY DIFFRACTION100
2.5987-2.73570.22127280.172714580X-RAY DIFFRACTION100
2.7357-2.90710.21377750.174714572X-RAY DIFFRACTION100
2.9071-3.13140.19197840.170514591X-RAY DIFFRACTION100
3.1314-3.44640.19427450.166214604X-RAY DIFFRACTION100
3.4464-3.94470.17348000.151614597X-RAY DIFFRACTION100
3.9447-4.96830.168110.14214606X-RAY DIFFRACTION100
4.9683-39.01040.18137630.169114652X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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