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- PDB-6x6h: Structure of Shiga toxin 2 with a C-terminal peptide of ribosomal... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6x6h | |||||||||
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Title | Structure of Shiga toxin 2 with a C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins | |||||||||
![]() |
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![]() | TOXIN / Shiga toxin / ribosome-inactivating protein / C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins | |||||||||
Function / homology | ![]() hemolysis by symbiont of host erythrocytes / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rudolph, M.J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the interaction of Shiga toxin 2a with a C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins. Authors: Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Tumer, N.E. / Li, X.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 498.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1r4pS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules A1BCDEF
#1: Protein | Mass: 27061.381 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: N-terminal portion, disulfide linked to C-terminal fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_ ...Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_29255, DOT81_27455, DOY22_27375, DQG35_26865, ED607_26125, ED648_25265, EHV81_26780, EHV90_26725, EHW09_26775, F7G01_26395, GJD97_09695, GN312_26720 Production host: ![]() ![]() |
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#3: Protein | Mass: 7824.590 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: stxII, stx2B, stx2b, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B, BvCmsHHP019_02074, BvCmsNSP072_02053, BvCmsOUP014_04264, C9098_23370, C9Z37_23105, C9Z78_24425, D6004_26885, D7K33_26370, D9X77_ ...Gene: stxII, stx2B, stx2b, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B, BvCmsHHP019_02074, BvCmsNSP072_02053, BvCmsOUP014_04264, C9098_23370, C9Z37_23105, C9Z78_24425, D6004_26885, D7K33_26370, D9X77_26970, DAH30_25515, DM155_24460, DNR35_15450, EBM08_12130, F7F11_25580, HW43_14770, UN91_26180 Production host: ![]() ![]() |
-Protein/peptide , 2 types, 2 molecules A2P
#2: Protein/peptide | Mass: 4532.119 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: C-terminal fragment, disulfide linked to N-terminal portion Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_ ...Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_29255, DOT81_27455, DOY22_27375, DQG35_26865, ED607_26125, ED648_25265, EHV81_26780, EHV90_26725, EHW09_26775, F7G01_26395, GJD97_09695, GN312_26720 Production host: ![]() ![]() |
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#4: Protein/peptide | Mass: 654.712 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 489 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 100 mM NaCl, 30% PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC HF-4M / Detector: PIXEL / Date: Sep 6, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.875→50 Å / Num. obs: 57068 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 28.1 % / Biso Wilson estimate: 23.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.387 / Χ2: 0.786 / Net I/σ(I): 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1R4P Resolution: 1.88→42.753 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.44 Å2 / Biso mean: 28.531 Å2 / Biso min: 12.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.88→42.753 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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