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- PDB-6x6h: Structure of Shiga toxin 2 with a C-terminal peptide of ribosomal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x6h
タイトルStructure of Shiga toxin 2 with a C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins
要素
  • (rRNA N-glycosylase) x 2
  • P11 peptide
  • Shiga toxin 2 B subunit
キーワードTOXIN / Shiga toxin / ribosome-inactivating protein / C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / rRNA N-glycosylase / Shiga toxin 2 B subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the interaction of Shiga toxin 2a with a C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins.
著者: Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Tumer, N.E. / Li, X.P.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年9月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
改定 2.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: rRNA N-glycosylase
A2: rRNA N-glycosylase
B: Shiga toxin 2 B subunit
C: Shiga toxin 2 B subunit
D: Shiga toxin 2 B subunit
E: Shiga toxin 2 B subunit
F: Shiga toxin 2 B subunit
P: P11 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,01421
ポリマ－71,3718
非ポリマー64313
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.148, 85.226, 98.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A1-401-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 A1BCDEF

#1: タンパク質 rRNA N-glycosylase / Stx2A


分子量: 27061.381 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal portion, disulfide linked to C-terminal fragment
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_ ...遺伝子: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_29255, DOT81_27455, DOY22_27375, DQG35_26865, ED607_26125, ED648_25265, EHV81_26780, EHV90_26725, EHW09_26775, F7G01_26395, GJD97_09695, GN312_26720
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9ZMR8, rRNA N-glycosylase
#3: タンパク質
Shiga toxin 2 B subunit / Shiga toxin 2 subunit B / Shiga toxin 2B / Shiga toxin 2v subunit A / Shiga toxin Stx2 subunit B / ...Shiga toxin 2 subunit B / Shiga toxin 2B / Shiga toxin 2v subunit A / Shiga toxin Stx2 subunit B / Shiga toxin Stx2a subunit B / Stx2 holotoxin B subunit / Stx2 holotoxin subunit B / Stx2B / Stx2B protein


分子量: 7824.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: stxII, stx2B, stx2b, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B, BvCmsHHP019_02074, BvCmsNSP072_02053, BvCmsOUP014_04264, C9098_23370, C9Z37_23105, C9Z78_24425, D6004_26885, D7K33_26370, D9X77_ ...遺伝子: stxII, stx2B, stx2b, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B, BvCmsHHP019_02074, BvCmsNSP072_02053, BvCmsOUP014_04264, C9098_23370, C9Z37_23105, C9Z78_24425, D6004_26885, D7K33_26370, D9X77_26970, DAH30_25515, DM155_24460, DNR35_15450, EBM08_12130, F7F11_25580, HW43_14770, UN91_26180
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7DJJ2

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 A2P

#2: タンパク質・ペプチド rRNA N-glycosylase / Stx2A


分子量: 4532.119 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal fragment, disulfide linked to N-terminal portion
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_ ...遺伝子: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_29255, DOT81_27455, DOY22_27375, DQG35_26865, ED607_26125, ED648_25265, EHV81_26780, EHV90_26725, EHW09_26775, F7G01_26395, GJD97_09695, GN312_26720
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9ZMR8, rRNA N-glycosylase
#4: タンパク質・ペプチド P11 peptide


分子量: 654.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 489分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 100 mM NaCl, 30% PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC HF-4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.875→50 Å / Num. obs: 57068 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 28.1 % / Biso Wilson estimate: 23.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.387 / Χ2: 0.786 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.88-1.9122.53.06528050.3390.6563.1380.63999.4
1.91-1.9525.12.47628200.4510.4982.5280.69299.6
1.95-1.9830.12.33728090.6170.4262.3760.66999.9
1.98-2.0330.72.17227990.7120.392.2070.666100
2.03-2.0730.31.87828460.7880.341.9090.687100
2.07-2.1230.61.47228390.8430.2661.4960.727100
2.12-2.1729.11.43428160.8570.2651.4580.71100
2.17-2.2326.51.1828330.8780.2311.2030.73799.9
2.23-2.2928.61.06328480.9130.1991.0820.76999.8
2.29-2.37300.91528360.9430.1660.930.72199.9
2.37-2.4528.90.81928140.9510.1520.8330.73199.9
2.45-2.5527.20.70528460.9650.1350.7180.74899.9
2.55-2.6724.10.57628450.9080.1180.5890.76999
2.67-2.8123.90.46928210.9740.0960.4790.80299.1
2.81-2.98310.38428610.990.0690.390.82599.8
2.98-3.2131.40.27628790.9940.0490.280.873100
3.21-3.5428.40.19628840.9960.0370.1990.97499.9
3.54-4.0529.90.12529130.9980.0230.1271.005100
4.05-5.126.10.08928920.9990.0170.0910.98198.6
5.1-5027.60.09830620.9990.0190.10.9598.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R4P

1r4p


解像度: 1.88→42.753 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 2793 4.9 %
Rwork0.1677 54209 -
obs0.1696 57002 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.44 Å2 / Biso mean: 28.531 Å2 / Biso min: 12.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→42.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5005 0 34 476 5515
Biso mean--40.81 38.95 -
残基数----637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6717040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0193090
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.88-1.90740.33311380.3006233787
1.9074-1.94210.30041310.27272678100
1.9421-1.97940.29031250.25062727100
1.9794-2.01980.29491320.22872696100
2.0198-2.06380.26881720.21522652100
2.0638-2.11180.22871380.22736100
2.1118-2.16460.21761330.18672689100
2.1646-2.22310.20881420.17542730100
2.2231-2.28850.21571290.17462716100
2.2885-2.36240.22121480.16652693100
2.3624-2.44680.22311390.16062715100
2.4468-2.54470.24261290.16482713100
2.5447-2.66050.19731320.1657274699
2.6605-2.80080.20551370.1652269999
2.8008-2.97620.19671370.162732100
2.9762-3.20590.16741330.16112766100
3.2059-3.52840.21031610.15542735100
3.5284-4.03870.17861570.13492769100
4.0387-5.0870.16121490.1274276099
5.087-42.7530.18941310.1785292098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5585-2.8985-0.8093.20360.82140.84850.0214-0.03350.42040.00980.0116-0.3823-0.1750.1954-0.02930.1941-0.05250.00080.1940.0090.262128.859762.9577130.9505
24.2889-1.7891-1.5641.88381.07532.88510.0462-0.03110.3040.02470.0573-0.2429-0.24110.0771-0.10140.1367-0.0709-0.02840.14520.00780.197327.594458.8765134.7661
31.3325-0.17430.07231.9506-0.08821.98140.02-0.2504-0.01850.23190.00770.03760.1121-0.191-0.00560.183-0.0360.00460.2236-0.00120.150213.875954.7208142.5354
42.3466-1.6479-0.97082.62571.20961.62050.09590.2364-0.0321-0.0718-0.1124-0.0218-0.0058-0.138-0.00320.1405-0.032-0.01840.1840.0160.130921.533550.8413122.133
54.13453.23961.43436.38650.15992.17570.118-0.0294-0.13490.0155-0.08910.00520.1180.50710.04260.14850.05820.03120.1961-0.01030.172229.852748.14120.9887
65.40662.86832.07765.90172.11812.85320.2405-0.2397-0.09130.5732-0.1047-0.23050.1926-0.0839-0.13990.22990.0346-0.00830.1630.03460.161922.967627.551117.0601
77.5861-4.08174.73963.4118-2.17084.9530.02410.4356-0.0028-0.1251-0.1754-0.25530.12320.68990.14810.13650.00510.0280.230.00860.148133.899317.1781103.1935
89.08075.74674.42496.78614.11035.1901-0.05810.1583-0.1799-0.2509-0.0940.09170.09860.09110.17110.19350.03530.00690.1620.0140.154225.480415.384897.935
99.29365.7019-3.15713.8765-0.59077.17560.18860.0105-0.50430.0005-0.1607-0.23420.14790.40790.04450.19930.0482-0.02740.13580.03450.2531.71911.8841100.3852
103.67591.48760.50611.84471.78942.25850.1227-0.16350.01050.1012-0.05640.04250.08720.0276-0.05130.16410.0025-0.01250.13420.0440.146828.418517.8615108.7589
119.36911.67152.73329.4009-6.69066.45750.40921.5863-0.9808-0.891-0.5863-0.62331.04170.94260.34170.37040.0982-0.03660.4032-0.10240.337834.56816.6312100.2939
124.88670.9651-0.90993.6233.48734.07330.45-0.7542-0.29260.1577-0.0002-0.57490.07920.7533-0.3880.24220.0199-0.04150.2656-0.02660.302534.268215.0746113.6994
136.34911.95141.7392.6318-2.28318.12990.0578-0.3521-0.07680.5882-0.0662-0.01690.13280.80640.07650.28120.0439-0.02650.13760.04170.203430.918313.6917125.2411
146.24534.40045.16236.93055.93957.76670.15230.0032-0.50580.06710.0459-0.27250.72440.2931-0.14580.26180.037-0.00890.1520.0570.258228.04797.8086117.4489
157.63430.73672.05178.509-1.36184.8130.1239-0.6557-0.71890.39260.0377-0.17320.33780.1404-0.08510.27640.03150.02010.22260.06590.205327.80317.5983124.816
163.99690.50051.28195.9627-1.87364.4618-0.1412-0.2618-0.0790.32460.01920.1881-0.07650.00360.00360.1540.02030.04390.16410.01070.174424.132917.6689122.2463
176.2182.525-1.49014.8098-1.00018.45780.0836-0.965-1.27651.09860.23170.37751.00310.3296-0.07450.47130.0639-0.02930.27750.13370.424626.73663.9637129.2815
187.86144.45952.2493.13793.18566.76840.1147-0.6006-0.00851.1444-0.0314-0.1471-0.1088-0.0513-0.22450.3140.04360.0040.26190.0390.213822.405219.5419130.7938
192.8889-1.02740.25913.5521.79832.0034-0.1666-0.5418-0.30760.57110.14280.27290.0055-0.04360.03080.34610.00110.10410.30570.08380.20912.23420.882130.935
204.81384.3514.24667.1714.45423.8866-0.0239-0.40660.32660.7135-0.11150.9585-0.3875-0.4550.02250.49970.05480.17930.38390.15630.41747.997620.0895132.4812
212.1873-0.40170.88873.11441.47921.4289-0.0311-0.5877-0.21120.4081-0.0910.33480.1166-0.29950.12290.30160.0050.06550.30870.0510.18178.877523.9904127.0683
226.00995.9637-5.53845.7975-5.44175.06690.2682-0.70040.22650.6952-0.54830.1839-0.50210.00690.20890.30630.01490.01060.26470.00170.26837.218932.5117124.6977
234.05821.80161.12684.9779-0.19152.80250.0448-0.2768-0.02370.357-0.18210.1389-0.127-0.05920.03760.17190.05870.09150.1912-0.01950.15872.659632.4691115.5144
246.60570.31880.82815.96042.10463.7772-0.1059-0.01680.09530.1340.06090.3062-0.1266-0.33150.08080.16180.00670.03220.18480.020.15770.349233.2331113.6658
255.88271.1257-0.48052.46010.05242.6589-0.07960.0610.0669-0.09650.02660.15080.0165-0.16070.01560.1410.00330.00940.10440.00070.11785.971433.0131109.1874
265.82291.5107-4.12734.203-0.63866.09750.22730.14720.1809-0.0146-0.06470.1949-0.0825-0.0543-0.20270.14360.0271-0.06360.13570.05820.08414.001829.513496.6081
273.295-0.36671.10733.4763-0.10175.70410.04150.2286-0.0796-0.185-0.02580.1349-0.0019-0.0712-0.01680.10430.01290.00720.11640.00120.141816.575727.028196.3071
286.92380.70620.98976.4765-0.14886.73560.0791-0.12570.0975-0.1312-0.1821-0.7016-0.24370.6998-0.07140.15650.00090.0080.21920.01810.234627.374726.079598.3322
296.9934-1.4327-2.290.7794-0.72236.68010.1591-0.06451.3878-1.58960.605-0.6913-1.32080.7558-0.65010.536-0.07740.08040.27790.01480.461427.142462.886116.9258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 27 )A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 76 )A28 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 164 )A77 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 225 )A165 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 226 through 242 )A226 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 258 through 297 )A258 - 297
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 13 )B1 - 13
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 14 through 23 )B14 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 24 through 32 )B24 - 32
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 33 through 52 )B33 - 52
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 53 through 63 )B53 - 63
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 64 through 70 )B64 - 70
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 13 )C1 - 13
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 14 through 23 )C14 - 23
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 24 through 32 )C24 - 32
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 33 through 52 )C33 - 52
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 53 through 63 )C53 - 63
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 64 through 70 )C64 - 70
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 23 )D1 - 23
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 24 through 32 )D24 - 32
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 33 through 63 )D33 - 63
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 64 through 70 )D64 - 70
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 1 through 18 )E1 - 18
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 19 through 32 )E19 - 32
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 33 through 70 )E33 - 70
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 1 through 18 )F1 - 18
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 19 through 63 )F19 - 63
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 64 through 70 )F64 - 70
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'P' and (resid 6 through 11 )P6 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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