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Yorodumi- PDB-6x6h: Structure of Shiga toxin 2 with a C-terminal peptide of ribosomal... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6x6h | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of Shiga toxin 2 with a C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | TOXIN / Shiga toxin / ribosome-inactivating protein / C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsymbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.88 Å | |||||||||
Authors | Rudolph, M.J. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020Title: Structural basis for the interaction of Shiga toxin 2a with a C-terminal peptide of ribosomal P stalk proteins. Authors: Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Tumer, N.E. / Li, X.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6x6h.cif.gz | 279.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6x6h.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 6x6h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 6x6h_validation.pdf.gz | 495.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6x6h_full_validation.pdf.gz | 498.7 KB | Display | |
| Data in XML | 6x6h_validation.xml.gz | 28.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6x6h_validation.cif.gz | 42.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6h | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1r4pS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules A1BCDEF
| #1: Protein | Mass: 27061.381 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: N-terminal portion, disulfide linked to C-terminal fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_ ...Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_29255, DOT81_27455, DOY22_27375, DQG35_26865, ED607_26125, ED648_25265, EHV81_26780, EHV90_26725, EHW09_26775, F7G01_26395, GJD97_09695, GN312_26720 Production host: ![]() |
|---|---|
| #3: Protein | Mass: 7824.590 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: stxII, stx2B, stx2b, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B, BvCmsHHP019_02074, BvCmsNSP072_02053, BvCmsOUP014_04264, C9098_23370, C9Z37_23105, C9Z78_24425, D6004_26885, D7K33_26370, D9X77_ ...Gene: stxII, stx2B, stx2b, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B, BvCmsHHP019_02074, BvCmsNSP072_02053, BvCmsOUP014_04264, C9098_23370, C9Z37_23105, C9Z78_24425, D6004_26885, D7K33_26370, D9X77_26970, DAH30_25515, DM155_24460, DNR35_15450, EBM08_12130, F7F11_25580, HW43_14770, UN91_26180 Production host: ![]() |
-Protein/peptide , 2 types, 2 molecules A2P
| #2: Protein/peptide | Mass: 4532.119 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: C-terminal fragment, disulfide linked to N-terminal portion Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_ ...Gene: stx2A, stx2a, stxA2, ARC77_05630, BTQ04_04340, BvCmsNSP072_02052, D4011_27180, D4660_26220, D5I97_26890, D6X63_27810, DAH26_28715, DL455_26690, DMI53_27500, DMO02_27200, DN703_28545, DOE35_29255, DOT81_27455, DOY22_27375, DQG35_26865, ED607_26125, ED648_25265, EHV81_26780, EHV90_26725, EHW09_26775, F7G01_26395, GJD97_09695, GN312_26720 Production host: ![]() |
|---|---|
| #4: Protein/peptide | Mass: 654.712 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 489 molecules 






| #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.33 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 100 mM NaCl, 30% PEG 200 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC HF-4M / Detector: PIXEL / Date: Sep 6, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.875→50 Å / Num. obs: 57068 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 28.1 % / Biso Wilson estimate: 23.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.387 / Χ2: 0.786 / Net I/σ(I): 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1R4P Resolution: 1.88→42.753 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.47 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 94.44 Å2 / Biso mean: 28.531 Å2 / Biso min: 12.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.88→42.753 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Citation










PDBj




