PDB-2p6t: CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL REGULATOR NMB0573 and L-LEUC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p6t

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL REGULATOR NMB0573 and L-LEUCINE COMPLEX FROM NEISSERIA MENINGITIDIS

要素

Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

キーワード

TRANSCRIPTION / NMB0573 / Transcriptional regulator / Lrp/AsnC-family / N. Meninigitidis / Structural Genomics / Structural and functional analysis of N. meninigitidis transcriptional regulators / Oxford Protein Production Facility / OPPF

機能・相同性

機能・相同性情報

response to amino acid / sequence-specific DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ren, J. / Sainsbury, S. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Structure and Transcriptional Analysis of a Global Regulator from Neisseria meningitidis.
著者: Ren, J. / Sainsbury, S. / Combs, S.E. / Capper, R.G. / Jordan, P.W. / Berrow, N.S. / Stammers, D.K. / Saunders, N.J. / Owens, R.J.

履歴

登録	2007年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p6t.cif.gz	258.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p6t.ent.gz	210.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/2p6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/2p6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p5vSC 2p6sC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2p5v-d 3i4p-1 2p6s-d 2qz8-1 2w25-1 2ivm-1 2w24-1 2cg4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: OPTIC224

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

B: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

C: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

D: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

E: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

F: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

G: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

H: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

ヘテロ分子

148 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.389, 149.771, 77.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	5	A	A	5 - 158	7 - 160
2	1	THR	THR	5	B	B	5 - 158	7 - 160
3	1	THR	THR	5	C	C	5 - 158	7 - 160
4	1	THR	THR	5	D	D	5 - 158	7 - 160
5	1	THR	THR	5	E	E	5 - 158	7 - 160
6	1	THR	THR	5	F	F	5 - 158	7 - 160
7	1	THR	THR	5	G	G	5 - 158	7 - 160
8	1	THR	THR	5	H	H	5 - 158	7 - 160
1	2	LEU	LEU	4	A	I	1160
2	2	LEU	LEU	4	B	M	1160
3	2	LEU	LEU	4	C	P	1160
4	2	LEU	LEU	4	D	S	1160
5	2	LEU	LEU	4	E	X	1160
6	2	LEU	LEU	4	F	AA	1160
7	2	LEU	LEU	4	G	CA	1160
8	2	LEU	LEU	4	H	GA	1160

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, LRP/AsnC family 分子量: 18288.701 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: NMB0573 / プラスミド: OPPF2146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9K0L9
#2: 化合物	ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 95 mM HEPES-Na, 190 mM Calcium Chloride, 26.6% PEG 400, 5% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 28887 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2007 / % possible all: 63.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2p5v

2p5v

解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 27.65 / SU ML: 0.483 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.544 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30008	1454	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23534	-	-	-
obs	0.23853	28166	92.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.3 Å²	0 Å²	11.39 Å²
2-	-	-2.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9844	0	119	132	10095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	10115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.054	1.98	13686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.798	3	16763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.825	5	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.37	23.982	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.131	15	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.649	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	11021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	7740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	5641
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.157	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.275	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.576	4	6516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.888	4	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.791	6	10107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.15	6	4065
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.229	10	3579

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	913	medium positional	0.44	0.5
1	2	B	913	medium positional	0.31	0.5
1	3	C	913	medium positional	0.4	0.5
1	4	D	913	medium positional	0.6	0.5
1	5	E	913	medium positional	0.35	0.5
1	6	F	913	medium positional	0.28	0.5
1	7	G	913	medium positional	0.43	0.5
1	8	H	913	medium positional	0.4	0.5
2	1	A	13	medium positional	0.16	0.5
2	2	B	13	medium positional	0.09	0.5
2	3	C	13	medium positional	0.07	0.5
2	4	D	13	medium positional	0.07	0.5
2	5	E	13	medium positional	0.2	0.5
2	6	F	13	medium positional	0.12	0.5
2	7	G	13	medium positional	0.15	0.5
2	8	H	13	medium positional	0.06	0.5
1	1	A	1144	loose positional	1.19	5
1	2	B	1144	loose positional	1.08	5
1	3	C	1144	loose positional	1.03	5
1	4	D	1144	loose positional	1.27	5
1	5	E	1144	loose positional	1.12	5
1	6	F	1144	loose positional	0.93	5
1	7	G	1144	loose positional	1.07	5
1	8	H	1144	loose positional	1.09	5
1	1	A	913	medium thermal	7.05	20
1	2	B	913	medium thermal	6.93	20
1	3	C	913	medium thermal	6.47	20
1	4	D	913	medium thermal	9.72	20
1	5	E	913	medium thermal	6.68	20
1	6	F	913	medium thermal	8.06	20
1	7	G	913	medium thermal	7.63	20
1	8	H	913	medium thermal	5.94	20
2	1	A	13	medium thermal	2.89	20
2	2	B	13	medium thermal	2.44	20
2	3	C	13	medium thermal	8.61	20
2	4	D	13	medium thermal	3.59	20
2	5	E	13	medium thermal	11.24	20
2	6	F	13	medium thermal	5.97	20
2	7	G	13	medium thermal	4.51	20
2	8	H	13	medium thermal	3.87	20
1	1	A	1144	loose thermal	7.93	30
1	2	B	1144	loose thermal	9.74	30
1	3	C	1144	loose thermal	7.59	30
1	4	D	1144	loose thermal	10.86	30
1	5	E	1144	loose thermal	8.86	30
1	6	F	1144	loose thermal	9.8	30
1	7	G	1144	loose thermal	9.48	30
1	8	H	1144	loose thermal	7.99	30

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.457	65	-
R_work	0.445	1490	-
obs	-	-	65.72 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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