PDB-2p6s: Crystal Structure of Transcriptional Regulator NMB0573/L-Met Comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p6s

タイトル

Crystal Structure of Transcriptional Regulator NMB0573/L-Met Complex from Neisseria Meningitidis

要素

Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

キーワード

TRANSCRIPTION / NMB0573 / Transcriptional regulator / Lrp/AsnC-family / Structural Genomics / Structural and functional analysis of N. meninigitidis transcriptional regulators / Oxford Protein Production Facility / OPPF

機能・相同性

機能・相同性情報

response to amino acid / sequence-specific DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ren, J. / Sainsbury, S. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Structure and Transcriptional Analysis of a Global Regulator from Neisseria meningitidis.
著者: Ren, J. / Sainsbury, S. / Combs, S.E. / Capper, R.G. / Jordan, P.W. / Berrow, N.S. / Stammers, D.K. / Saunders, N.J. / Owens, R.J.

履歴

登録	2007年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p6s.cif.gz	263.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p6s.ent.gz	215.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2p6s_validation.pdf.gz	533 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p6s_full_validation.pdf.gz	567.7 KB	表示
XML形式データ	2p6s_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	2p6s_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/2p6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/2p6s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2p5vSC 2p6tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ivm-1 2qz8-1 2p5v-d 2w24-1 2w25-1 2p6t-d 3i4p-1 2cg4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: OPTIC224

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

B: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

C: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

D: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

E: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

F: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

G: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

H: Transcriptional regulator, LRP/AsnC family

ヘテロ分子

149 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.831, 149.676, 77.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LEU	LEU	5	A	A	5 - 158	7 - 160
2	1	THR	THR	LEU	LEU	5	B	B	5 - 158	7 - 160
3	1	THR	THR	LEU	LEU	5	C	C	5 - 158	7 - 160
4	1	THR	THR	LEU	LEU	5	D	D	5 - 158	7 - 160
5	1	THR	THR	LEU	LEU	5	E	E	5 - 158	7 - 160
6	1	THR	THR	LEU	LEU	5	F	F	5 - 158	7 - 160
7	1	THR	THR	LEU	LEU	5	G	G	5 - 158	7 - 160
8	1	THR	THR	LEU	LEU	5	H	H	5 - 158	7 - 160
1	2	MET	MET	MET	MET	4	A	I	1160
2	2	MET	MET	MET	MET	4	B	S	1160
3	2	MET	MET	MET	MET	4	C	U	1160
4	2	MET	MET	MET	MET	4	D	Y	1160
5	2	MET	MET	MET	MET	4	E	BA	1160
6	2	MET	MET	MET	MET	4	F	FA	1160
7	2	MET	MET	MET	MET	4	G	IA	1160
8	2	MET	MET	MET	MET	4	H	JA	1160

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, LRP/AsnC family 分子量: 18288.701 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: NMB0573 / プラスミド: OPPF2146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9K0L9
#2: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 95 mM HEPES-Na, 190 mM Calcium Chloride, 26.6% PEG 400, 5% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 35471 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3499 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2p5v

2p5v

解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 50.446 / SU ML: 0.473 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.483 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30578	1751	5 %	RANDOM
R_work	0.22762	-	-	-
obs	0.23164	33226	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.84 Å²	0 Å²	11.07 Å²
2-	-	-3.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9844	0	153	217	10214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	10145
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.996	1.98	13709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.803	3	16853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.225	5	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.831	23.996	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.43	15	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.246	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	11025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	7349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.158	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.212	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.247	4	6545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.819	4	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.106	6	10107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.427	6	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.057	10	3602

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	913	medium positional	0.46	0.5
1	2	B	913	medium positional	0.27	0.5
1	3	C	913	medium positional	0.32	0.5
1	4	D	913	medium positional	0.53	0.5
1	5	E	913	medium positional	0.33	0.5
1	6	F	913	medium positional	0.28	0.5
1	7	G	913	medium positional	0.36	0.5
1	8	H	913	medium positional	0.41	0.5
2	1	A	14	medium positional	0.11	0.5
2	2	B	14	medium positional	0.1	0.5
2	3	C	14	medium positional	0.08	0.5
2	4	D	14	medium positional	0.07	0.5
2	5	E	14	medium positional	0.12	0.5
2	6	F	14	medium positional	0.11	0.5
2	7	G	14	medium positional	0.38	0.5
2	8	H	14	medium positional	0.11	0.5
1	1	A	1145	loose positional	1.15	5
1	2	B	1145	loose positional	0.99	5
1	3	C	1145	loose positional	1.04	5
1	4	D	1145	loose positional	1.19	5
1	5	E	1145	loose positional	1.15	5
1	6	F	1145	loose positional	1.02	5
1	7	G	1145	loose positional	1.12	5
1	8	H	1145	loose positional	1.09	5
1	1	A	913	medium thermal	9.35	20
1	2	B	913	medium thermal	6.07	20
1	3	C	913	medium thermal	5.31	20
1	4	D	913	medium thermal	6.09	20
1	5	E	913	medium thermal	5.16	20
1	6	F	913	medium thermal	6.34	20
1	7	G	913	medium thermal	5.84	20
1	8	H	913	medium thermal	4.58	20
2	1	A	14	medium thermal	2.66	20
2	2	B	14	medium thermal	1.46	20
2	3	C	14	medium thermal	1.99	20
2	4	D	14	medium thermal	2.31	20
2	5	E	14	medium thermal	4.26	20
2	6	F	14	medium thermal	2.78	20
2	7	G	14	medium thermal	4.65	20
2	8	H	14	medium thermal	3.04	20
1	1	A	1145	loose thermal	13.22	30
1	2	B	1145	loose thermal	7.99	30
1	3	C	1145	loose thermal	6.51	30
1	4	D	1145	loose thermal	7.45	30
1	5	E	1145	loose thermal	6.62	30
1	6	F	1145	loose thermal	7.35	30
1	7	G	1145	loose thermal	7.42	30
1	8	H	1145	loose thermal	5.68	30

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.523	129	-
R_work	0.438	2426	-
obs	-	-	99.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7822	-1.5089	0.0741	1.3959	0.2648	0.9093	-0.3861	-0.2311	0.1026	0.1638	0.068	-0.2786	-0.0725	-0.0428	0.3181	-0.3423	0.034	-0.091	-0.3174	0.0274	-0.3121	8.46	17.8766	86.9235
2	1.502	0.5438	-0.9148	2.1385	-0.3391	1.7049	-0.068	0.1152	0.1699	-0.0721	0.1431	0.0205	-0.021	-0.1201	-0.0751	-0.4351	-0.0058	-0.0958	-0.3291	0.0249	-0.3117	15.6794	8.1341	57.7026
3	1.8391	0.2683	-0.6373	0.5328	-0.3839	1.5207	-0.0084	0.016	-0.0672	-0.0029	0.027	-0.0251	0.0823	-0.1962	-0.0186	-0.4224	-0.0316	-0.0104	-0.4161	-0.0038	-0.3144	-0.8569	2.3293	75.9017
4	0.5171	-0.4679	-0.7788	2.9379	0.4065	1.2082	0.062	-0.2233	-0.0461	-0.0993	0.0375	-0.0543	0.1212	0.0819	-0.0995	-0.4046	0.0258	-0.0506	-0.3014	-0.0219	-0.2795	29.6213	11.6048	73.9308
5	1.9924	1.9295	-0.8151	2.8033	-0.2632	1.2022	0.002	0.0798	0.1606	-0.0207	-0.119	-0.032	0.1165	-0.2944	0.117	-0.4191	-0.053	0.0007	-0.4398	0.0296	-0.2853	22.0036	-31.3947	51.9771
6	1.4496	-0.139	-1.132	1.384	0.0435	0.8871	-0.0681	0.2239	0.0062	-0.1297	0.0335	0.2016	-0.0135	-0.1001	0.0346	-0.3695	-0.0035	-0.0524	-0.2635	-0.0063	-0.3303	30.5592	-3.7155	38.7209
7	3.3289	1.0002	-2.66	3.1236	-1.1295	2.9334	-0.7595	0.7773	-0.7954	-0.6316	0.233	-0.2034	0.628	-0.453	0.5265	-0.2823	-0.148	0.1549	-0.2605	-0.1869	-0.1084	30.993	-27.937	32.6944
8	2.8936	0.6596	-0.0962	0.7857	0.36	1.1562	-0.0717	-0.0905	-0.0531	0.1894	-0.0086	-0.0507	0.0522	0.0336	0.0803	-0.4	0.0059	-0.0182	-0.4118	0.034	-0.3028	33.8438	-10.3611	59.1453
9	1.6956	-0.3339	-1.6427	0.0958	0.5305	3.0157	0.0308	-0.1415	-0.0552	-0.0572	-0.0558	0.0451	0.3283	0.0411	0.025	-0.284	-0.0281	0.0335	-0.3966	0.0133	-0.3186	68.6378	-0.5603	25.8345
10	1.6251	0.8271	-0.1773	0.88	0.2239	1.7827	-0.0808	0.0775	-0.0497	-0.103	0.0843	0.0519	-0.1133	-0.227	-0.0035	-0.403	0.0009	0.0026	-0.3393	0.0281	-0.328	45.6442	18.3914	36.7057
11	1.9923	0.8567	-0.4186	0.4272	-0.2797	1.3265	-0.0552	0.0166	0.137	-0.1638	-0.0608	-0.025	-0.0274	-0.0528	0.116	-0.3612	0.0028	0.0404	-0.3929	0.0187	-0.296	67.7119	20.4788	24.8304
12	0.3791	0.6354	0.0599	1.1311	0.3753	1.1546	0.0122	-0.0623	-0.0592	-0.165	0.0473	-0.1629	-0.0242	-0.0648	-0.0595	-0.4137	0.0018	0.0317	-0.3913	-0.0059	-0.2938	54.6435	1.558	46.8993
13	0.9127	0.5795	0.0787	1.6739	-0.6969	1.7395	-0.2735	-0.0581	0.2268	-0.1671	0.1348	-0.2938	-0.0656	0.3202	0.1387	-0.4074	-0.0432	0.0524	-0.355	-0.0006	-0.1286	56.3236	48.4606	61.4659
14	1	0.4674	-0.0008	2.01	0.3581	1.6443	-0.0048	0.1025	0.0744	-0.1415	0.0907	0.2513	-0.0974	-0.1564	-0.0859	-0.4283	0.0281	-0.0268	-0.3591	0.0122	-0.2437	30.754	30.2605	55.7071
15	1.2173	-1.2594	-1.3288	2.8249	0.9147	1.5895	-0.0263	-0.1248	0.1463	0.0993	0.172	-0.1585	0.0003	0.0925	-0.1457	-0.3496	0.0065	0.0259	-0.4445	-0.0232	-0.2558	35.7118	51.5797	67.9102
16	1.6038	0.5359	-1.1779	1.7753	-0.1341	1.3642	0.1874	0.0094	0.0672	0.1324	0.0095	-0.0905	-0.0284	0.0951	-0.1969	-0.4586	0.0069	-0.0622	-0.3492	0.0143	-0.2845	50.4764	23.7297	61.7987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 60	5 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	146 - 158	148 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	61 - 145	63 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	3 - 60	5 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	146 - 158	148 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	61 - 145	63 - 147
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	5 - 60	7 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	146 - 158	148 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	61 - 145	63 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	3 - 60	5 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	146 - 158	148 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	61 - 145	63 - 147
13	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	3 - 60	5 - 62
14	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	146 - 158	148 - 160
15	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	61 - 145	63 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	5 - 60	7 - 62
17	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	146 - 158	148 - 160
18	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	61 - 145	63 - 147
19	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	1 - 60	3 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	146 - 158	148 - 160
21	X-RAY DIFFRACTION	14	G	G	61 - 145	63 - 147
22	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	5 - 60	7 - 62
23	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	146 - 158	148 - 160
24	X-RAY DIFFRACTION	16	H	H	61 - 145	63 - 147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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