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- PDB-2p63: Suprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multipl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p63
タイトルSuprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multiple geometries for substrate ubiquitination
要素Cell division control protein 4
キーワードCELL CYCLE / ubiquitination / helix bundle / scf complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear SCF ubiquitin ligase complex / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U3 snoRNA binding / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphoserine residue binding / 90S preribosome / ubiquitin binding ...nuclear SCF ubiquitin ligase complex / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U3 snoRNA binding / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphoserine residue binding / 90S preribosome / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / nuclear matrix / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / cell division / nucleolus / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cdc4 dimerisation domain-like / Cell division control protein 4, dimerisation domain / Cell division control protein 4 dimerisation domain / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / F-box domain / Helix non-globular ...Cdc4 dimerisation domain-like / Cell division control protein 4, dimerisation domain / Cell division control protein 4 dimerisation domain / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / F-box domain / Helix non-globular / Special / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Orlicky, S. / Neculai, D. / Ceccarelli, D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Suprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multiple geometries for substrate ubiquitination.
著者: Tang, X. / Orlicky, S. / Lin, Z. / Willems, A. / Neculai, D. / Ceccarelli, D. / Mercurio, F. / Shilton, B.H. / Sicheri, F. / Tyers, M.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 4
B: Cell division control protein 4
C: Cell division control protein 4
D: Cell division control protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7204
ポリマ－25,7204
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Cell division control protein 4
D: Cell division control protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8602
ポリマ－12,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7310 Å2
手法PISA
3
A: Cell division control protein 4
B: Cell division control protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8602
ポリマ－12,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area7300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.816, 37.816, 298.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 227 - 271 / Label seq-ID: 10 - 54

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CC
12BB
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Cell division control protein 4 / F-box protein CDC4 / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit CDC4


分子量: 6429.942 Da / 分子数: 4 / 断片: D Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC4 / プラスミド: PGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07834
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50%MPD, 100 mM (NH4)H2PO4 ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日
詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: Water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→49.69 Å / Num. all: 6882 / Num. obs: 6756 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 8.4 / Observed criterion σ(I): 8.4 / 冗長度: 9.81 % / Rmerge(I) obs: 0.0702 / Rsym value: 0.0349 / Net I/σ(I): 21.15
反射 シェル解像度: 2.67→2.73 Å / 冗長度: 6.95 % / Rmerge(I) obs: 0.1712 / Mean I/σ(I) obs: 8.47 / Num. unique all: 383 / Rsym value: 0.1228 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
EPICS-basedbeamline controlデータ収集
データacquisition systemsデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.67→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 25.966 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 8.47 / σ(I): 8.47 / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27851 472 7 %RANDOM
Rwork0.21974 ---
all0.22396 6284 --
obs0.22396 6284 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.17 Å21.59 Å20 Å2
2--3.17 Å20 Å2
3----4.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 0 37 1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9732364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0455211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3824.51693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.59515315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7751.51081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3221698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2643733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0444.5665
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A360tight positional0.020.05
2B377tight positional0.010.05
1A360tight thermal0.030.5
2B377tight thermal0.030.5
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 31 -
Rwork0.273 473 -
obs--98.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5798-2.65281.65785.3017-1.49273.70640.2998-0.0420.0395-0.2766-0.1512-0.12170.10040.0563-0.14860.23150.04010.08390.0249-0.040.168210.79721.970613.6394
20.6088-1.81571.487512.1532-2.14558.5283-0.1521-0.1531-0.06070.22970.6962-0.2269-0.16920.0891-0.54410.06850.11790.05870.0866-0.08790.1089.74080.736112.1976
32.06963.2161-1.465.0032-2.14373.86390.3210.0278-0.04610.237-0.1054-0.1133-0.10970.0523-0.21560.2212-0.0323-0.06350.0446-0.05540.174511.02-2.3219-13.7254
40.46781.4884-1.743913.2058-2.33678.8648-0.15690.23390.0695-0.12810.8252-0.25370.2360.012-0.66840.0772-0.0883-0.09030.0754-0.10560.13319.403-1.0331-11.7959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA228 - 27211 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2BB228 - 27211 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3CC228 - 27311 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4DD228 - 27311 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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