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- PDB-2p5o: Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p5o
タイトルCrystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog
要素
  • DNA polymerase
  • Primer DNA
  • Template DNA
キーワードtransferase/DNA / DNA POLYMERASE / ABASIC SITE / DNA LESION / EXONUCLEASE SWITCH / transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / Monooxygenase / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hogg, M. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Crystallographic snapshots of a replicative DNA polymerase encountering an abasic site.
著者: Hogg, M. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2007年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年4月3日ID: 1RV2
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年9月10日Group: Database references
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Template DNA
F: Primer DNA
G: Template DNA
H: Primer DNA
I: Template DNA
J: Primer DNA
K: Template DNA
L: Primer DNA
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
C: DNA polymerase
D: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)463,32012
ポリマ－463,32012
非ポリマー00
水8,917495
1
E: Template DNA
F: Primer DNA
A: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8303
ポリマ－115,8303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Template DNA
H: Primer DNA
B: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8303
ポリマ－115,8303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Template DNA
J: Primer DNA
C: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8303
ポリマ－115,8303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
K: Template DNA
L: Primer DNA
D: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8303
ポリマ－115,8303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.018, 123.209, 165.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
Template DNA


分子量: 5368.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Commercially produced
#2: DNA鎖
Primer DNA


分子量: 4634.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Commercially produced
#3: タンパク質
DNA polymerase / Gp43


分子量: 105827.570 Da / 分子数: 4 / Mutation: D222A, D327A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
属: T4-like viruses / 遺伝子: 43 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 200011
2Magnesium sulfate11
3Sodium acetate11
4HEPES11
5glycerol11
6BME11
7PEG 200012
8Magnesium sulfate12
9Sodium acetate12
10HEPES12
11glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9500, 0.9788, 0.9790
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月5日 / 詳細: Double crystal monochromator
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.951
20.97881
30.9791
反射解像度: 2.8→44 Å / Num. all: 257534 / Num. obs: 234220 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→44 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 22643 -random
Rwork0.245 ---
all-257534 --
obs-234220 90.9 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25015 2242 0 495 27752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3074
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007856
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.314
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.324
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 /
Rfactor反射数
Rfree0.434 1017
Rwork0.379 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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