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万見
- PDB-2p59: Crystal Structure of Hepatitis C Virus NS3.4A protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p59
タイトルCrystal Structure of Hepatitis C Virus NS3.4A protease
要素
  • NS3
  • peptide
キーワードVIRAL PROTEIN / HCV protease
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / symbiont-mediated perturbation of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / self proteolysis / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hepacivirin / TBC/RABGAPs / host cell mitochondrial membrane ...positive regulation of hexokinase activity / symbiont-mediated perturbation of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / self proteolysis / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hepacivirin / TBC/RABGAPs / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / serine-type peptidase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / SH3 domain binding / kinase binding / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GG4 / Genome polyprotein / Genome polyprotein / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Perni, R.B. / Wei, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Inhibitors of hepatitis C virus NS3.4A protease. Effect of P4 capping groups on inhibitory potency and pharmacokinetics.
著者: Perni, R.B. / Chandorkar, G. / Cottrell, K.M. / Gates, C.A. / Lin, C. / Lin, K. / Luong, Y.P. / Maxwell, J.P. / Murcko, M.A. / Pitlik, J. / Rao, G. / Schairer, W.C. / Van Drie, J. / Wei, Y.
履歴
登録2007年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3
B: NS3
C: peptide
D: peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2435
ポリマ－42,5154
非ポリマー7281
水00
1
A: NS3
C: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2582
ポリマ－21,2582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NS3
D: peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9853
ポリマ－21,2582
非ポリマー7281
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)225.870, 225.870, 75.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 NS3


分子量: 19179.945 Da / 分子数: 2 / 断片: HCV NS3.4A protease domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / 株: HCV-H strain / 遺伝子: NS3 protease domain / プラスミド: pBEV10 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: A1Z093, UniProt: Q91RS4*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 2077.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: P27958*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GG4 / (2S,3AS,7AS)-1-[(2S)-2-{[(2S)-2-CYCLOHEXYL-2-({[(2R)-4-NITRO-2H-PYRROL-2-YL]CARBONYL}AMINO)ACETYL]AMINO}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-N-{(1S)-1-[(1R)-2-(CYCLOPROPYLAMINO)-1-HYDROXY-2-OXOETHYL]BUTYL}OCTAHYDRO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE


分子量: 727.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H57N7O8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1.6M NaCl, 0.3M KH2PO4, 0.1M MES, 10.0 mM PME, protein concentration 9.3 mg/ml, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 14133 / Biso Wilson estimate: 49.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX2005精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.9→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 4452504 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 709 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.213 14133 86.3 %-
all-14174 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.408 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å21.12 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2688 0 52 0 2740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 107 5.3 %
Rwork0.323 1901 -
obs-2008 74.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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