PDB-2p4w: Crystal structure of heat shock regulator from Pyrococcus furiosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p4w

タイトル

Crystal structure of heat shock regulator from Pyrococcus furiosus

要素

Transcriptional regulatory protein arsR family

キーワード

TRANSCRIPTION / archaea / Phr / heat shock / transcriptional regulation / winged helix / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Liu, W. / Vierke, G. / Panjikar, S. / Thomm, M. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Archaeal Heat Shock Regulator from Pyrococcus furiosus: A Molecular Chimera Representing Eukaryal and Bacterial Features.
著者: Liu, W. / Vierke, G. / Wenke, A.K. / Thomm, M. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2007年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2007年3月27日	ID: 1XNP
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	1xnp PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wl2-2 6mvg-1 5v58-d 2azl-2 1wkz-d 5lmj-d 1qup-d 3mav-2 1ais-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulatory protein arsR family

B: Transcriptional regulatory protein arsR family

ヘテロ分子

48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.389, 82.854, 114.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	2	A	A	1 - 98	1 - 98
2	1	MET	MET	ALA	ALA	2	B	B	1 - 98	1 - 98
1	2	LYS	LYS	PHE	PHE	3	A	A	103 - 197	103 - 197
2	2	LYS	LYS	PHE	PHE	3	B	B	103 - 197	103 - 197

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Transcriptional regulatory protein arsR family 分子量: 24074.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1790 / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: Q8U030
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5 M lithium sulfate, 25% ethylene glycol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9198 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→38.66 Å / Num. all: 17812 / Num. obs: 17812 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 74 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 17.87
反射シェル	解像度: 2.47→2.51 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 5.79 / Num. unique all: 682 / R_sym value: 0.634 / % possible all: 73.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MxCuBE		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XNP

1xnp
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.6→38.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 28.02 / SU ML: 0.293 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.969 / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Use TLS refinement at the last round of refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30517	786	5 %	RANDOM
R_work	0.25239	-	-	-
obs	0.255	14972	98.79 %	-
all	-	14972	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.156 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3308	0	5	47	3360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.022	3339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.128	2.016	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.371	22.738	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.825	15	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.663	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.27	0.2	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.332	0.2	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.316	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.288	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.828	1.5	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.209	2	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.603	3	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.309	4.5	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	392	tight positional	0.09	0.05
2	380	tight positional	0.1	0.05
1	406	medium positional	0.31	0.5
2	422	loose positional	0.65	5
1	392	tight thermal	0.19	0.5
2	380	tight thermal	0.17	0.5
1	406	medium thermal	1.04	2
2	422	loose thermal	2.38	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	43	-
R_work	0.318	1003	-
obs	-	-	90.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.2698	-0.3931	-7.1278	3.3436	1.4603	13.1515	-0.7119	-0.2138	-0.1507	-0.1326	0.0692	0.1275	-0.0224	-0.5774	0.6427	0.1745	0.0954	0.0785	0.044	-0.0478	0.18	-8.1097	31.5732	36.9817
2	6.1697	2.16	-3.5108	4.3053	0.5628	9.6661	-0.2786	-0.7748	0.3144	0.094	-0.0558	0.28	-0.5166	-1.2889	0.3344	0.292	0.2238	-0.005	0.286	-0.1238	0.2885	-16.6048	35.8917	40.8493
3	6.1512	0.5647	-2.5887	0.1212	0.3359	5.8358	-0.0619	-0.0056	-0.1669	0.0368	-0.1858	0.5072	-0.4787	-1.0127	0.2477	0.212	0.0629	0.1369	0.1344	-0.0221	0.2985	-13.0525	26.4165	35.6424
4	8.0896	5.2312	1.7141	38.9979	-4.9553	6.8323	0.0438	-0.1162	0.5583	-0.4922	1.0296	3.1512	-0.3211	-0.4961	-1.0735	0.1698	-0.055	-0.0101	0.164	-0.0389	0.3936	-13.6031	12.3968	29.6941
5	5.8911	4.7015	1.576	8.123	-1.5918	16.03	0.3276	-1.199	-0.3071	1.0218	-0.6047	0.2076	0.4328	-0.3829	0.2771	0.231	-0.1531	0.0276	0.0096	-0.0023	0.1728	-5.4215	3.7637	46.9439
6	3.354	1.0005	-7.3098	2.3683	-8.27	33.8458	0.0626	0.3864	0.0401	-0.0818	-0.0704	0.0605	-0.7751	0.5009	0.0078	0.1785	-0.032	-0.057	-0.0132	-0.0601	0.1157	4.4293	10.1496	19.0193
7	12.1413	21.8559	-9.5149	40.6552	-7.1996	82.6014	-2.5615	0.138	0.9496	-3.7863	1.5784	-1.5767	0.7606	-3.4192	0.9831	0.8885	-0.0954	0.0377	0.7632	0.3915	0.6098	4.7727	18.9816	-6.2426
8	10.2314	2.7313	-1.7366	12.611	2.0687	35.8726	-0.1003	0.2571	0.9017	-0.2141	-0.1432	1.0789	-1.5441	-0.7779	0.2436	0.2864	0.2146	-0.1335	0.7204	0.0088	0.4181	-6.1226	15.0676	-2.0445
9	10.3038	-1.7697	-4.3162	1.6441	3.5529	7.7066	-0.3256	-0.2328	-0.0044	0.3144	-0.1912	0.2276	0.0169	0.1256	0.5168	0.1827	-0.0769	0.0525	-0.0965	0.0963	0.1641	7.5381	31.1395	26.5162
10	8.0684	-2.0895	-0.3036	6.2079	-1.6085	11.347	-0.1068	0.2723	0.5838	-0.0303	-0.1178	-0.6451	-1.0378	1.3842	0.2245	0.2629	-0.2865	0.0593	0.1317	0.0196	0.2476	16.8385	34.6124	23.0294
11	4.5895	-1.3179	-2.75	2.0798	0.6709	6.4087	-0.0989	-0.1391	-0.3425	0.3092	-0.0546	-0.4027	-0.1404	0.8225	0.1534	0.1586	-0.0062	-0.013	0.0856	0.0087	0.1034	11.4512	24.8838	27.8824
12	18.2526	-26.726	-18.225	46.5578	50.5004	94.582	-1.6643	0.0831	-3.8572	0.3507	2.0565	1.7031	3.9295	7.4555	-0.3922	0.6164	-0.0646	0.2655	0.7044	-0.3526	1.1795	13.1922	9.621	25.6316
13	12.508	-1.8027	-0.5253	4.2732	-0.5085	11.5042	0.0127	1.462	-0.3425	-0.6741	-0.3791	-0.048	0.1732	0.522	0.3664	0.182	0.0899	-0.0254	0.3684	-0.1484	0.2481	4.8174	4.5183	3.6204
14	4.0238	-2.4063	-10.2278	3.2233	5.934	26.0163	0.1489	-0.0171	-0.0317	0.0555	-0.2414	0.0417	-0.3542	-0.1757	0.0926	0.0575	-0.0099	-0.0249	-0.0747	-0.0314	0.1204	-5.6604	9.4227	31.7825
15	4.9335	2.8774	-3.3904	20.4434	37.3521	84.7601	-2.3064	-3.7258	0.438	1.3292	-0.0126	2.2812	2.3065	1.1313	2.319	0.7841	0.1915	-0.1003	1.0001	-0.135	0.6211	-7.1091	18.0038	57.5795
16	9.9577	-0.2985	2.3354	25.5102	-1.6748	24.8877	-0.8297	-0.1685	0.6682	1.48	-0.1982	-1.3441	-1.4786	0.329	1.028	0.3733	-0.231	-0.2521	0.3829	0.0631	0.3998	4.2275	15.7786	52.8562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 32	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	33 - 65	33 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	66 - 93	66 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	94 - 104	94 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	105 - 134	105 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	135 - 160	135 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	161 - 170	161 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	171 - 197	171 - 197
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	1 - 32	1 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	33 - 65	33 - 65
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	66 - 95	66 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	96 - 104	96 - 104
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	105 - 134	105 - 134
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	135 - 160	135 - 160
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	161 - 170	161 - 170
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	171 - 198	171 - 198

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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