PDB-2p4f: Crystal Structure of Atp11 functional domain from Candida Glabrata

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p4f

タイトル

Crystal Structure of Atp11 functional domain from Candida Glabrata

要素

Similar to sp|P32453 Saccharomyces cerevisiae YNL315c ATP11

キーワード

CHAPERONE / half barrel

機能・相同性

ATP11 / ATP11 protein / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / unfolded protein binding / mitochondrial matrix / Candida glabrata strain CBS138 chromosome M complete sequence

機能・相同性情報

生物種

Candida glabrata CBS 138 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ludlam, A.V. / Brunzelle, J.S. / Gatti, D.L. / Ackerman, S.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Atp11 functional domain from Candida Glabrata
著者: Ludlam, A.V. / Brunzelle, J.S. / Pribyl, T. / Gatti, D.L. / Ackerman, S.H.

履歴

登録	2007年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月17日	Group: Other
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p4f.cif.gz	104.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p4f.ent.gz	77.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p4x
類似構造データ	4htu-2 5y1j-d 4kzj-2 6wjm-d 1uj6-d 3eap-4 2qhl-3 1bue-d 1opr-d 2ge8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Similar to sp|P32453 Saccharomyces cerevisiae YNL315c ATP11

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.187, 63.187, 153.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Similar to sp\|P32453 Saccharomyces cerevisiae YNL315c ATP11 分子量: 34406.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata CBS 138 (菌類) / 生物種: Candida glabrata / 株: CBS138 / 遺伝子: CAGL0M04037g / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3), Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q6FJS2
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, MES, Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	0.97625
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.97931

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月1日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si220	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si220	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97625	1
2	0.97931	1

Reflection

冗長度: 12.8 % / Av σ(I) over netI: 14.1 / 数: 305962 / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 2.05 / D res high: 1.89 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23868 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.13	50	99.1	1	0.054	5.774	12.3
4.07	5.13	100	1	0.052	4.258	12.7
3.56	4.07	100	1	0.062	4.649	12.6
3.23	3.56	100	1	0.062	3.708	12.9
3	3.23	100	1	0.064	2.713	13.1
2.82	3	100	1	0.07	2.358	13.1
2.68	2.82	100	1	0.073	1.986	13.1
2.57	2.68	100	1	0.08	1.705	13.1
2.47	2.57	100	1	0.086	1.564	13.2
2.38	2.47	100	1	0.09	1.441	13.1
2.31	2.38	100	1	0.097	1.345	13.1
2.24	2.31	100	1	0.117	1.311	13.1
2.18	2.24	100	1	0.124	1.175	13.1
2.13	2.18	100	1	0.132	1.074	13.1
2.08	2.13	100	1	0.148	1.105	13
2.04	2.08	100	1	0.182	1.042	13
2	2.04	100	1	0.2	0.98	13
1.96	2	100	1	0.242	0.939	13.2
1.92	1.96	100	1	0.281	0.941	12.2
1.89	1.92	100	1	0.325	0.924	10.4

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 47858 / % possible obs: 81.2 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 16.1

反射シェル

解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique all: 442 / R_sym value: 0.405 / Χ²: 0.955 / % possible all: 15.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.49 Å / D res low: 19.93 Å / FOM : 0.38 / FOM acentric: 0.385 / FOM centric: 0 / 反射: 20408

Phasing MAD set

波長: 0.97932 Å / Atom type: SE / F double prime refined: 2.78 / F prime refined: -6

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	1.91433	0.01582507	0.06598831	SE	5.11828	0.111111
2	2.35719	-0.402951	-1.69498	SE	3.69907	0.111111
3	1.69396	-6.50986	-0.645805	SE	3.02598	0.111111

Phasing MAD expt

Mean fom: 0.379

Phasing dm

Delta phi final: 7.02 / Delta phi initial: 63.44 / FOM : 0.9605 / Mask type: RMS / 手法: FLIP

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	反射
5.35-20	0.9704	2040
4.26-5.35	0.9829	2040
3.73-4.26	0.9825	2052
3.39-3.73	0.9778	2037
3.15-3.39	0.966	2032
2.96-3.15	0.9538	2039
2.81-2.96	0.9599	2079
2.69-2.81	0.9499	2051
2.59-2.69	0.9454	2034
2.5-2.59	0.9171	2072

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXL-97		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELX		位相決定
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→50 Å / Num. parameters: 15880 / Num. restraintsaints: 19517 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1862	2394	5.3 %	RANDOM
R_work	0.1449	-	-	-
obs	0.1449	45438	-	-
all	-	45438	-	-

Refine analyze

Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1752

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1563	0	19	170	1752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.031
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist	0
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes	0.0279
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0.056
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0.076
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr	0.009
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt	0.004
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt	0.077
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps	0.107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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