PDB-2p3p: Structure of a domain of an uncharacterized protein PG_1388 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p3p

タイトル

Structure of a domain of an uncharacterized protein PG_1388 from Porphyromonas gingivalis W83

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / hypothetical protein / MAD / PSI-2 / structure genomics / singleton / PG_1388 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Protein of unknown function DUF3256 / Protein of unknown function (DUF3256) / membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Nocek, B. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a domain of an uncharacterized protein PG_1388 from Porphyromonas gingivalis W83
著者: Nocek, B. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2p3p.ent.gz	89.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p3p	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2b4m-2 3ds7-1 6m2c-4 6z3x-d 2fx0-d 2jjt-1 5y9p-d 3rkf-3 2ozz-2 6fsf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90158.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

ヘテロ分子

47.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Hypothetical protein

登録者が定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.753, 48.259, 54.191
Angle α, β, γ (deg.)	86.55, 79.58, 68.35
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 23802.289 Da / 分子数: 2 / 断片: Targeted domain: residues 61-264 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) 生物種: Porphyromonas gingivalis / 株: W83, PG_1388 / 遺伝子: PG_1388 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MUU3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25 % w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924, 0.97938

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月5日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97924	1
2	0.97938	1

反射

解像度: 1.76→35 Å / Num. all: 37374 / Num. obs: 37374 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 71.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.76→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 5.552 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22645	1873	5 %	RANDOM
R_work	0.16547	-	-	-
obs	0.16849	35455	92.89 %	-
all	-	35455	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.885 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	-0.27 Å²	-0.38 Å²
2-	-	0.33 Å²	0.41 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3183	0	1	556	3740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.566	1.954	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.936	3	5651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.187	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.31	22.5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.458	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.251	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.226	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.282	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.93	1.5	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.26	1.5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.195	2	3409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.049	3	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.784	4.5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	131	-
R_work	0.199	2416	-
obs	-	-	84.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7036	4.1154	-1.4974	4.976	-0.798	2.2537	-0.1409	0.1315	-0.1105	-0.2579	0.0701	-0.15	0.0077	-0.0258	0.0708	0.0712	0.021	0.0135	0.0569	-0.0022	0.0401	47.4316	8.1624	26.952
2	3.1524	0.1178	-0.7344	14.5597	-0.9622	0.2311	0.0408	0.2808	0.0808	-0.193	-0.0714	0.2668	-0.4207	-0.1991	0.0306	0.0722	-0.0207	-0.0466	0.1132	0.0013	0.0325	37.5239	11.0619	27.9131
3	34.8737	20.0282	-18.1724	13.7367	-11.2725	23.4546	0.0165	0.7013	0.5745	-0.7576	0.2901	0.2855	-0.0388	-0.8458	-0.3066	0.1843	0.0488	-0.0402	0.0331	0.0192	0.0245	43.1772	19.8543	24.2354
4	6.5651	1.2958	-1.623	1.9643	-1.0397	2.5966	0.0051	0.1188	0.1116	-0.1035	0.0766	0.1272	0.033	-0.1806	-0.0818	0.0694	0.0085	-0.0164	0.0193	-0.001	0.0505	46.2671	21.8564	32.9472
5	20.3714	12.9161	10.3249	12.5742	7.9832	7.285	0.2417	-0.8589	0.4658	0.1676	-0.6836	0.3876	0.002	-0.9878	0.4419	0.0512	-0.0039	0.0026	0.1441	-0.0214	0.1378	31.3905	12.9989	36.2675
6	0.8711	-1.2511	0.2166	2.0199	-0.2115	1.6446	0.0029	0.1226	0.0654	-0.0402	0.0383	-0.0093	0.0166	-0.1036	-0.0411	0.0616	-0.0007	-0.005	0.0274	-0.0084	0.0637	48.4672	12.7966	37.0175
7	4.5006	-2.0897	-4.0204	2.2083	2.3638	6.3984	0.1379	0.0086	0.0731	-0.0349	0.0081	-0.0974	0.0069	-0.02	-0.146	0.0468	0.0028	0.0029	0.0255	-0.0012	0.0722	51.3511	3.9706	41.2236
8	6.3942	-3.3997	4.599	4.7844	-3.604	7.9391	0.0133	-0.1191	-0.1386	0.1757	0.3102	0.3144	0.2214	-0.0458	-0.3235	0.1073	0.0258	0.0038	0.0531	-0.0124	0.019	52.2762	-2.5661	31.7339
9	1.0863	-0.555	0.5287	0.5969	-0.2481	18.5569	0.0703	0.0195	-0.1322	-0.0184	-0.0761	-0.1151	0.8647	0.4367	0.0058	0.0985	0.0314	0.0167	0.0654	0.0285	0.0744	58.5048	-3.6108	48.2266
10	0.6113	-0.8517	0.7102	1.3014	-1.5536	3.5999	-0.0022	-0.0216	0.0266	-0.0233	-0.014	0.0012	0.1652	-0.0208	0.0162	0.0877	-0.0202	-0.0158	0.0851	-0.0002	0.0656	55.5031	-2.3752	65.8844
11	3.7395	1.1313	-3.0358	2.657	-2.7361	7.6802	0	0.0542	0.1334	0.0333	-0.0811	-0.1578	-0.2507	0.1877	0.0811	0.0414	-0.0064	-0.0073	0.0386	0.0046	0.0764	56.0999	9.6126	47.6832
12	6.001	2.5245	-0.8325	3.1385	8.593	38.6336	0.1368	0.0261	0.126	-0.1465	-0.0978	0.3711	-0.3218	-2.4793	-0.0389	0.055	0.0839	0.0133	0.22	0.0076	0.071	46.01	5.7176	67.5816
13	1.9826	-1.6644	-0.9189	2.3215	4.4074	14.7301	-0.0955	0.0827	0.119	0.0902	-0.1296	-0.1386	-0.4647	-0.1562	0.2251	0.078	-0.0045	-0.0233	0.0579	-0.0007	0.0547	55.5238	5.7235	67.311
14	1.8625	1.1227	-2.0044	2.7115	1.5753	14.3673	0.1375	-0.1632	-0.0863	-0.1118	0.0525	-0.3528	0.0239	0.6909	-0.19	0.0164	0.0371	0.011	0.0802	0.0116	0.1	64.0711	4.9942	44.6046
15	11.6481	-1.5105	14.1742	3.8133	-6.8735	34.6938	-0.0599	-0.0589	0.6212	0.0211	-0.3301	-0.7153	0.3282	0.9188	0.39	-0.0104	0.0557	0.05	0.0402	0.0508	0.1123	65.0706	2.2652	45.3668
16	4.8997	-2.2647	0.5752	6.2413	1.5918	3.6951	0.1124	-0.0626	0.0274	0.2587	-0.0668	-0.2238	-0.0847	0.0904	-0.0455	0.0882	-0.0452	-0.012	0.0302	-0.0163	0.0372	77.1093	-15.3743	56.1946
17	6.0292	-1.9049	4.4725	10.8696	-3.812	4.2889	0.1267	-0.6561	0.0192	0.304	0.0889	0.3798	-0.1135	-0.3915	-0.2155	0.0386	-0.0178	0.0714	0.0821	-0.0146	0.0432	67.3764	-19.5076	57.9085
18	6.5389	-1.6348	-2.8583	5.971	2.9212	6.9698	-0.0931	-0.2219	0.3129	0.3647	0.0927	-0.0073	0.2368	0.0093	0.0004	0.0634	-0.0018	-0.0377	0.0196	-0.0004	0.0551	79.6077	-26.8952	55.8227
19	4.3717	0.7017	-0.4792	6.0474	-0.9002	1.802	-0.0483	-0.1178	0.0867	0.1119	0.0782	0.4036	0.0416	-0.098	-0.0299	0.0565	-0.0073	0.0018	0.0418	-0.0102	0.0495	71.1472	-24.5082	49.5673
20	22.5542	-1.0734	2.5046	25.4644	-7.5136	16.4424	-0.2748	0.3006	-0.3388	-0.8781	0.7505	0.9471	0.787	-0.543	-0.4756	0.0872	-0.0397	-0.0171	0.0693	0.016	0.0978	63.9626	-21.5521	42.7293
21	12.7765	9.0066	2.9271	8.5765	1.8463	0.6918	-0.1011	0.2648	0.0929	-0.0271	0.1487	0.0674	-0.0113	0.1861	-0.0476	0.1404	-0.0334	0.0139	0.169	-0.013	0.0836	83.323	-10.0005	46.6788
22	8.4972	1.5197	7.2699	1.8132	1.7887	7.7259	0.0752	-0.1854	-0.0407	-0.0466	-0.0494	0.1994	-0.0548	-0.2987	-0.0258	0.0713	-0.0071	-0.0059	0.0423	0.0043	0.0711	67.8289	-12.9746	39.5402
23	0.9129	0.537	-0.3728	1.2976	-2.0893	6.2058	0.0101	-0.0676	0.1453	0.2136	-0.1237	0.1861	-0.3343	0.0098	0.1135	0.0825	-0.0095	-0.0008	0.0341	-0.0166	0.0768	76.1921	-3.3777	44.4639
24	6.5318	-1.1597	5.371	1.6912	-2.0487	5.4353	-0.1561	0.5294	0.2431	0.0584	-0.1702	-0.1674	-0.1842	0.4959	0.3263	0.0355	-0.0039	-0.0084	0.1201	-0.003	0.0348	69.0133	-3.4203	16.686
25	7.8414	-0.2541	1.7155	2.4429	3.0526	6.1752	0.0349	0.0218	0.0215	-0.0629	0.1208	-0.0192	-0.2106	0.1779	-0.1557	0.0649	0.0133	0.02	0.0416	-0.0445	0.0571	60.2979	-3.5743	19.4354
26	5.5752	-2.1633	2.7694	2.6691	-1.7729	3.9685	-0.0695	-0.0015	-0.0524	0.0411	-0.014	-0.1276	-0.0069	0.1507	0.0835	0.0505	-0.0011	-0.0015	0.0358	0.0072	0.057	74.7072	-14.0815	33.5704
27	18.1831	11.4208	7.1266	9.8134	10.6926	18.7972	-0.0852	-0.3638	-0.5223	-0.2842	0.1766	0.1465	1.0885	-0.1216	-0.0915	0.134	-0.0208	-0.0509	0.0279	0.0501	0.107	59.6406	-14.9297	22.3539
28	7.4315	-1.8531	7.5848	2.1966	-0.1085	9.5737	0.6618	0.2672	-0.8867	-0.0982	-0.1219	0.1187	0.5238	0.2149	-0.5399	0.0649	0.0195	-0.0197	0.0566	-0.0331	0.0875	65.9514	-12.4402	17.7239
29	1.4092	1.2639	2.9358	1.7469	2.5043	7.473	-0.019	0.2531	0.0396	0.0208	0.2622	-0.1794	-0.0216	0.617	-0.2431	0.0649	-0.0261	0.0027	0.1082	-0.006	0.0781	84.839	-6.5742	35.6455
30	12.3625	12.0825	0.6163	19.3445	9.3319	37.959	-0.4075	0.6738	-1.2963	-0.4186	0.8625	-1.4746	0.7962	1.1198	-0.455	0.0347	-0.002	0.0383	0.0824	-0.0566	0.1711	84.7938	-7.6998	26.9266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	66 - 81	9 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	82 - 92	25 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	93 - 98	36 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	99 - 108	42 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	109 - 116	52 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	117 - 141	60 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	142 - 166	85 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	167 - 176	110 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	177 - 186	120 - 129
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	187 - 212	130 - 155
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	213 - 229	156 - 172
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	230 - 237	173 - 180
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	238 - 248	181 - 191
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	249 - 257	192 - 200
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	258 - 262	201 - 205
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	65 - 80	8 - 23
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	81 - 92	24 - 35
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	93 - 102	36 - 45
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	103 - 127	46 - 70
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	128 - 134	71 - 77
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	135 - 146	78 - 89
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	147 - 163	90 - 106
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	164 - 183	107 - 126
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	184 - 198	127 - 141
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	199 - 209	142 - 152
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	210 - 228	153 - 171
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	229 - 235	172 - 178
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	236 - 250	179 - 193
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	251 - 259	194 - 202
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	260 - 264	203 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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