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- PDB-2p3h: Crystal structure of the CorC_HlyC domain of a putative Corynebac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p3h
タイトルCrystal structure of the CorC_HlyC domain of a putative Corynebacterium glutamicum hemolysin
要素Uncharacterized CBS domain-containing protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / structural genomics / CorC_HlyC / pfam03471 / Putative transport protein / Transporter associated domain / Corynebacterium glutamicum / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily ...Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Uncharacterized CBS domain-containing proteins
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Volkart, L. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the CorC_HlyC domain of a putative Corynebacterium glutamicum hemolysin.
著者: Cuff, M.E. / Volkart, L. / Gu, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN. THE CRYSTALLIZED DOMAIN IS PART OF MUCH LARGER PROTEIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized CBS domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,19313
ポリマ－11,2881
非ポリマー90512
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.200, 51.214, 101.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-448-

HOH

詳細unknown, maybe monomer

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized CBS domain-containing protein / Membrane protein containing CBS domain / putative hemolysin


分子量: 11287.524 Da / 分子数: 1 / 断片: CorC_HlyC domain: residues 356-453 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: DSM 20300, JCM 1318, LMG 3730, NCIMB 10025 / 遺伝子: TlyC, Cgl1194, cg1349 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NR63
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 0.2M NaCl, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.91946 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月23日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91946 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.7 % / Av σ(I) over netI: 13.3 / 数: 104059 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 2.18 / D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13454 / % possible obs: 97.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.225096.910.0547.2387.2
3.354.2210010.0473.5968
2.923.3599.910.05438.4
2.662.9299.910.0682.6458.6
2.472.6610010.0751.9958.7
2.322.4710010.0891.7078.8
2.22.3210010.11.4988.8
2.112.210010.1091.2348.9
2.032.1110010.1361.1988.9
1.962.0310010.1771.0468.8
1.91.9699.610.2191.0498
1.841.998.110.3051.0155.6
1.791.8490.910.3731.0264.6
1.751.7977.710.3931.0163.7
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 13454 / Num. obs: 13454 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 2.179 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Num. unique all: 749 / Χ2: 1.016 / % possible all: 77.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.257 / FOM acentric: 0.29 / FOM centric: 0 / 反射: 13421 / Reflection acentric: 11856 / Reflection centric: 1565
Phasing MAD setR cullis acentric: 1.73 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 11856 / Reflection centric: 1565
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
11.25-501.690.40.22627
6.34-11.251.380.30.218271
4.41-6.341.50.30.2478129
3.38-4.411.170.20.2898185
2.74-3.381.50.10.11469233
2.31-2.742.090.102170275
1.99-2.312.74003002318
1.75-1.9910.33003631327
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Br36.089740.720.2230.0620
2Br42.213530.5620.4150.1840
3Br42.953280.7010.1980.2330
4Br32.264480.630.3030.3160
5Br54.300460.5270.0420.1430
6Br51.054230.5380.340.3050
7Br26.592510.6610.2540.2660
8Br67.931820.873-0.0260.0520
9Br45.966010.7660.2570.0880
10Br34.9580.7480.2790.2170
11Br31.670.5270.0380.2460
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
11.25-500.2220.4520532627
6.34-11.250.3570.497025318271
4.41-6.340.3960.5030607478129
3.38-4.410.4060.4901083898185
2.74-3.380.4210.488017021469233
2.31-2.740.3430.386024452170275
1.99-2.310.2250.249033203002318
1.75-1.990.0910.099039583631327
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 13421
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.37-10061.90.759506
4.25-5.3758.70.897503
3.7-4.2560.20.874511
3.36-3.760.80.862505
3.12-3.3661.80.866503
2.93-3.1265.70.82509
2.78-2.9361.10.834507
2.66-2.7864.20.822501
2.55-2.6660.80.846506
2.46-2.55620.841512
2.38-2.4666.30.837516
2.31-2.38620.853524
2.25-2.3165.70.814522
2.18-2.2568.70.797578
2.13-2.1865.90.826532
2.08-2.1366.40.844609
2.03-2.0869.90.825596
1.98-2.0371.50.814606
1.94-1.9873.60.794633
1.9-1.9475.10.835611
1.87-1.984.10.81651
1.83-1.8782.40.748625
1.8-1.8379.50.71605
1.75-1.881.90.691750

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.865 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 625 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.195 12619 --
obs0.195 12619 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--1.87 Å20 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数776 0 21 172 969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4282.0131191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7745113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66925.90944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.18315148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.255155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8661.5542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3312868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1413363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4784.5318
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 39 -
Rwork0.239 802 -
obs-841 91.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0277 Å / Origin y: -13.659 Å / Origin z: 8.0446 Å
111213212223313233
T-0.1423 Å20.0125 Å20.0165 Å2--0.2123 Å20.0049 Å2---0.1724 Å2
L3.1511 °2-0.1067 °20.0319 °2-1.0229 °20.5391 °2--3.2127 °2
S0.1731 Å °-0.1023 Å °-0.0316 Å °-0.0828 Å °-0.0732 Å °0.1127 Å °-0.1198 Å °-0.0618 Å °-0.0999 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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