PDB-2p35: Crystal structure of trans-aconitate methyltransferase from Agrob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p35

タイトル

Crystal structure of trans-aconitate methyltransferase from Agrobacterium tumefaciens

要素

Trans-aconitate 2-methyltransferase

Trans-アコニット酸 2-メチルトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / trans-aconitate methyltransferase / SAM dependent methyltransferase /

Agrobacterium tumefaciens (アグロバクテリウム) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Trans-アコニット酸 2-メチルトランスフェラーゼ /

trans-aconitate 2-methyltransferase activity /

メチル化 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of trans-aconitate methyltransferase from Agrobacterium tumefaciens
著者: Chang, C. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月14日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p35.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p35.ent.gz	97.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p35	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yco-2 4yco-3 3qbv-2 1kzg-2 4n56-d 4xh9-1 5t14-2 6oec-1 4a6f-1 4pdk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6108

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trans-aconitate 2-methyltransferase

B: Trans-aconitate 2-methyltransferase

ヘテロ分子

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.097, 103.097, 107.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Trans-aconitate 2-methyltransferase / Trans-アコニット酸 2-メチルトランスフェラーゼ分子量: 29121.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciensアグロバクテリウム株: C58 / 遺伝子: tam, Atu0870, AGR_C_1589 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative 参照: UniProt: Q8UH15, Trans-アコニット酸 2-メチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Na(OAC) pH 4.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月3日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 47410 / Num. obs: 47098 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 30.65
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→41.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 6.016 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21435	2376	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18564	-	-	-
obs	0.18713	44665	99.26 %	-
all	-	44665	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3798	0	52	403	4253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.976	5700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.524	5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.847	24.354	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.577	15	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.196	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.246	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.895	1.5	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.045	2	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.013	3	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.79	4.5	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	170	-
R_work	0.263	3015	-
obs	-	-	91.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	27.2644	-14.7536	-5.5991	10.6489	3.928	6.5438	0.0272	0.4374	0.5478	-0.2958	-0.2854	-0.4717	-0.791	-0.2994	0.2582	-0.0546	0.0303	-0.0921	-0.0532	-0.0063	-0.1046	-30.557	57.687	15.301
2	5.2065	3.0549	0.663	3.9095	0.9982	2.4969	0.04	0.2844	0.4182	0.0513	-0.0611	0.2059	-0.2023	-0.0482	0.0211	-0.078	0.0136	0.0091	-0.0215	0.0489	-0.0431	-13.854	53.488	19.545
3	3.5112	-0.7447	-1.6654	5.259	-1.1194	3.947	0.0416	0.6418	0.1283	-0.4845	-0.2314	-0.2827	-0.0083	-0.2645	0.1898	-0.0873	0.0299	0.0673	0.0287	0.0963	-0.1043	-5.409	53.361	6.973
4	1.71	-0.0614	-0.1374	0.8409	-0.7628	1.8847	-0.0027	0.1236	0.0756	0.0359	-0.1561	-0.2756	0.0507	0.1307	0.1588	-0.1024	0.0041	-0.007	0.0124	0.0507	0.0253	-0.67	46.864	22.645
5	1.4084	0.7587	1.4714	4.374	1.3732	4.063	0.1118	0.2668	-0.1409	-0.1559	0.0558	-0.5977	0.3944	0.4397	-0.1676	0.02	0.0418	0.0091	-0.0023	-0.0193	-0.0265	-18.376	24.146	11.545
6	4.7164	3.0952	1.8809	2.2884	1.484	1.109	-0.0563	0.0737	0.0473	-0.0937	-0.0901	0.2687	0.0092	-0.0096	0.1465	0.021	-0.0212	-0.0308	0.0724	-0.0471	0.0287	-26.423	37.219	19.585
7	6.8274	-4.7161	4.8114	4.9646	-2.2313	5.6162	-0.008	0.0338	0.5674	-0.1159	-0.0859	-0.2806	-0.316	0.0143	0.0939	-0.0754	-0.0405	-0.0095	-0.0528	-0.0496	-0.0521	-22.689	56.242	28.547
8	2.741	-0.1342	-0.8822	4.6552	0.9399	5.2358	-0.1111	-0.3156	0.2741	0.382	-0.15	-0.0424	-0.5414	-0.1794	0.2611	-0.0323	0.0223	-0.0898	-0.0618	-0.1326	-0.0897	-31.077	64.215	38.103
9	1.4802	-0.2088	-0.1003	2.746	1.3698	1.596	-0.0273	-0.1599	0.0212	0.0506	-0.2861	0.4265	0.0233	-0.3696	0.3134	-0.1016	-0.0137	-0.0166	0.0731	-0.1039	-0.0332	-35.882	49.313	30.085
10	0.7949	0.3677	-1.0586	1.462	-0.0374	5.9093	-0.1547	-0.23	-0.0224	0.0101	0.0203	0.2137	0.1023	-0.2763	0.1345	-0.0406	0.0062	0.0345	0.0303	0.0034	-0.0788	-18.331	39.7	52.983
11	7.613	-0.5321	4.3725	0.093	-0.1429	2.9861	-0.2516	-0.1527	0.0793	-0.0332	0.0448	-0.0833	-0.0474	0.0622	0.2067	0.0028	-0.0211	-0.0339	0.0786	-0.004	-0.0393	-9.818	44.18	38.627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 14	8 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	15 - 29	18 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	30 - 84	33 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	85 - 129	88 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	164 - 185	167 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	250 - 256	253 - 259
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	130 - 163	133 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	194 - 234	197 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	186 - 193	189 - 196
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	235 - 249	238 - 252
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	15 - 29	18 - 32
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	30 - 84	33 - 87
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	85 - 129	88 - 132
14	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	164 - 185	167 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	250 - 256	253 - 259
16	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	130 - 163	133 - 166
17	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	194 - 234	197 - 237
18	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	186 - 193	189 - 196
19	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	235 - 249	238 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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