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万見
- PDB-2p22: Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p22
タイトルStructure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core
要素
  • Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
  • Protein SRN2
  • Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 28
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Endosome / Trafficking complex / Vps23 / Vps28 / Vps37 / Mvb12 / Vacuolar Protein Sorting / ESCRT protein complexes / Endosomal Sorting Complex Required for Transport / ESCRT-I / ubiquitin / Tsg101
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein polyubiquitination / ESCRT I complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein targeting to membrane ...negative regulation of protein polyubiquitination / ESCRT I complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein targeting to membrane / reticulophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / ubiquitin binding / protein modification process / cytoplasmic side of plasma membrane / late endosome membrane / endosome / protein-containing complex binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1830 / Multivesicular body sorting factor 12 / ESCRT-I subunit Mvb12 / ESCRT-1 complex, Vps37, fungi / Vps28 N-terminal domain / Modifier of rudimentary, Modr / Modifier of rudimentary (Mod(r)) protein / VPS37 C-terminal domain profile. / Vacuolar protein sorting-associated Vps28 / Vacuolar protein sorting-associated, VPS28, N-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1830 / Multivesicular body sorting factor 12 / ESCRT-I subunit Mvb12 / ESCRT-1 complex, Vps37, fungi / Vps28 N-terminal domain / Modifier of rudimentary, Modr / Modifier of rudimentary (Mod(r)) protein / VPS37 C-terminal domain profile. / Vacuolar protein sorting-associated Vps28 / Vacuolar protein sorting-associated, VPS28, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated, VPS28, C-terminal / VPS28, C-terminal domain superfamily / VPS28, N-terminal domain superfamily / VPS28 protein / VPS28 C-terminal domain profile. / VPS28 N-terminal domain profile. / Steadiness box (SB) domain / Vps23 core domain / Steadiness box (SB) domain profile. / Ubiquitin E2 variant, N-terminal / : / UEV domain / UEV domain profile. / ESCRT assembly domain / Helix hairpin bin domain superfamily / de novo design (two linked rop proteins) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease / Multivesicular body sorting factor 12 / Vacuolar protein sorting-associated protein 28 / Protein SRN2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kostelansky, M.S. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Molecular architecture and functional model of the complete yeast ESCRT-I heterotetramer.
著者: Kostelansky, M.S. / Schluter, C. / Tam, Y.Y. / Lee, S. / Ghirlando, R. / Beach, B. / Conibear, E. / Hurley, J.H.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年6月24日Group: Data collection
改定 1.42017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.52018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.62020年4月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.82024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3028
ポリマ－65,9184
非ポリマー3844
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19180 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area31050 Å2
手法PISA
2
A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,21032
ポリマ－263,67316
非ポリマー1,53716
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
Buried area97340 Å2
ΔGint-1011 kcal/mol
Surface area103560 Å2
手法PISA
3
C: Protein SRN2
ヘテロ分子

C: Protein SRN2
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,60516
ポリマ－131,8368
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area20860 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area79590 Å2
手法PISA
4
A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,60516
ポリマ－131,8368
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area45080 Å2
ΔGint-469 kcal/mol
Surface area55370 Å2
手法PISA
5
A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,60516
ポリマ－131,8368
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
Buried area39580 Å2
ΔGint-422 kcal/mol
Surface area60870 Å2
手法PISA
6
A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 28
C: Protein SRN2
D: Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,60516
ポリマ－131,8368
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
Buried area40740 Å2
ΔGint-447 kcal/mol
Surface area59710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.054, 83.766, 269.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease / Vacuolar protein sorting-associated protein 23


分子量: 19903.428 Da / 分子数: 1 / 断片: Vps23 (215-385) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS23 / プラスミド: pst39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 RIL / 参照: UniProt: P25604
#2: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 28


分子量: 13755.307 Da / 分子数: 1 / 断片: Vps28N-Terminal Domain (1-118) / Mutation: C101A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPT28 / プラスミド: pst39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 RIL / 参照: UniProt: Q02767
#3: タンパク質 Protein SRN2 / Vacuolar protein sorting-associated protein 37


分子量: 22598.469 Da / 分子数: 1 / 断片: Vps37 (22-213) / Mutation: C123A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS37 / プラスミド: pst39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 RIL / 参照: UniProt: Q99176
#4: タンパク質 Hypothetical 12.0 kDa protein in ADE3-SER2 intergenic region


分子量: 9661.012 Da / 分子数: 1 / 断片: Mvb12 (4-81) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Mvb12 / プラスミド: pst39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 RIL / 参照: UniProt: P42939

-
非ポリマー , 2種, 26分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR ...詳細: Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID10.9795
シンクロトロンAPS 22-ID20.9795
シンクロトロンAPS 22-BM31.0332
シンクロトロンAPS 22-BM41.0688
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2006年7月28日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2006年7月28日
MARMOSAIC 225 mm CCD3CCD2006年8月22日
MARMOSAIC 225 mm CCD4CCD2006年8月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.03321
31.06881
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 19506 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 66.8 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique obs: 1297 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 61.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換
解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2769929.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 988 5.1 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 19504 90.8 %-
all-0 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.9151 Å2 / ksol: 0.288583 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 95.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-43.12 Å20 Å20 Å2
2---12.13 Å20 Å2
3----30.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4337 0 20 22 4379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.478 104 4.7 %
Rwork0.4 2109 -
obs-2213 62.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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