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万見
- PDB-2p1y: 1.B2.D9, a bispecific alpha/beta TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p1y
タイトル1.B2.D9, a bispecific alpha/beta TCR
要素bispecific alpha/beta TCR
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / autoimmunity / immunoglobulin fold / diabody
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者McBeth, C. / Pizarro, J.C. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: A new twist in TCR diversity revealed by a forbidden alphabeta TCR.
著者: McBeth, C. / Seamons, A. / Pizarro, J.C. / Fleishman, S.J. / Baker, D. / Kortemme, T. / Goverman, J.M. / Strong, R.K.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence The alpha and beta chains were cloned in single chain format with the C-terminus of the ...sequence The alpha and beta chains were cloned in single chain format with the C-terminus of the beta chain extending to the N-terminus of the alpha chain. The numbering is standard Kabat numbering (immunology protocol) throughout with the beta chain starting around 1, the linker +200, and the alpha chain +300.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bispecific alpha/beta TCR
C: bispecific alpha/beta TCR
E: bispecific alpha/beta TCR
G: bispecific alpha/beta TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0694
ポリマ－105,0694
非ポリマー00
水1,838102
1
A: bispecific alpha/beta TCR
C: bispecific alpha/beta TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5352
ポリマ－52,5352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: bispecific alpha/beta TCR
G: bispecific alpha/beta TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5352
ポリマ－52,5352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.681, 105.477, 81.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
bispecific alpha/beta TCR


分子量: 26267.268 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: 1.B2.D9 / 遺伝子: Valpha2.3/Vbeta8.2 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 (RIL) / 参照: UniProt: Q5R1B3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% w/w PEG 6000, 100 mM HEPES, 3% v/v MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月3日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→40.4 Å / Num. all: 41336 / Num. obs: 41336 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 6.29 / Num. unique all: 4017 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1U3H

1u3h


解像度: 2.42→40.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 7.666 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25363 2073 5 %RANDOM
Rwork0.18142 ---
obs0.18508 39252 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.269 Å0.376 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→40.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6915 0 0 102 7017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0227093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5291.9379619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.5615885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.11724.509326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.371151106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4231525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.22463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24437
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2351.54640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84427083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.07332952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5034.52536
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.484 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 151 -
Rwork0.201 2867 -
obs--99.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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