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万見
- PDB-2p1u: Crystal structure of the ligand binding domain of the retinoid X ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p1u
タイトルCrystal structure of the ligand binding domain of the retinoid X receptor alpha in complex with 3-(2'-ethoxy)-tetrahydronaphtyl cinnamic acid and a fragment of the coactivator TIF-2
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2 peptide
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードHORMONE RECEPTOR / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / TGFBR3 expression ...retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / TGFBR3 expression / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / DNA binding domain binding / positive regulation of lipid metabolic process / LBD domain binding / locomotor rhythm / positive regulation of lipoprotein transport / nuclear steroid receptor activity / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / regulation of lipid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of cholesterol efflux / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / monocyte differentiation / response to retinoic acid / positive regulation of bone mineralization / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Recycling of bile acids and salts / transcription regulator inhibitor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to hormone stimulus / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cell maturation / peptide binding / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to progesterone / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smoothened signaling pathway / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / nuclear receptor activity / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / transcription coactivator activity / signaling receptor complex / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4TN / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bourguet, W. / Nahoum, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Modulators of the structural dynamics of the retinoid X receptor to reveal receptor function.
著者: Nahoum, V. / Perez, E. / Germain, P. / Rodriguez-Barrios, F. / Manzo, F. / Kammerer, S. / Lemaire, G. / Hirsch, O. / Royer, C.A. / Gronemeyer, H. / de Lera, A.R. / Bourguet, W.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8303
ポリマ－28,4362
非ポリマー3951
水2,000111
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2 peptide
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6616
ポリマ－56,8724
非ポリマー7892
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)67.638, 67.638, 109.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a homodimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the transformation matrix: 0.0 -1.0 0.0 -1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 0.0 0.5

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha


分子量: 26856.039 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain (residues 223-462) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 peptide / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 1
断片: nuclear receptor interaction motif 2 (residues 686-698)
由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. The peptide has been synthesized by automatic chemical synthesis.
参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-4TN / (2E)-3-[3-(3-ETHOXY-5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)-4-HYDROXYPHENYL]ACRYLIC ACID


分子量: 394.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 14% PEG 10000, 0.1M Tris, 1M ammonium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月12日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→36.6 Å / Num. all: 13627 / Num. obs: 13588 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.3212.90.2293.12496019380.229100
2.32-2.4612.80.1684.12347518360.168100
2.46-2.6312.80.1275.52203117270.127100
2.63-2.8412.60.0897.62049916210.089100
2.84-3.1112.60.088.11885215020.08100
3.11-3.4812.40.06310.11689013660.063100
3.48-4.0212.10.04713.51474312200.047100
4.02-4.9211.70.05610.71228610510.056100
4.92-6.9610.60.0678.589278460.067100
6.96-36.679.30.0449.144814810.04494.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1mvc

1mvc


解像度: 2.2→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 10.84 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 673 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.201 13585 --
obs0.201 13585 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 29 111 1891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1142.0042458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7865218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.22423.50677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99515327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3661513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4970.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5311.51144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94721774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5183763
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5154.5684
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 53 -
Rwork0.178 924 -
obs-977 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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