PDB-2p0k: Crystal structure of SCMH1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p0k

タイトル

Crystal structure of SCMH1

要素

Polycomb protein SCMH1

キーワード

TRANSCRIPTION / scmh1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / heterochromatin formation / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Herzanych, N. / Senisterra, G. / Liu, Y. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of SCMH1
著者: Herzanych, N. / Senisterra, G. / Liu, Y. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J.

履歴

登録	2007年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p0k.cif.gz	63.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p0k.ent.gz	46.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p0k_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p0k_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	2p0k_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	2p0k_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bivS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2r58-d 1j2f-1 5a38-2 2r0o-1 2r5a-d 2r5m-d 2vyt-1 4q3d-3 3kbr-d 2dyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polycomb protein SCMH1

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Polycomb protein SCMH1

ヘテロ分子

A: Polycomb protein SCMH1

ヘテロ分子

A: Polycomb protein SCMH1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.735, 95.735, 43.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- CL
2	1	A-477- HOH
3	1	A-507- HOH
4	1	A-534- HOH
5	1	A-555- HOH

#1: タンパク質	Polycomb protein SCMH1 / Sex comb on midleg homolog 1 分子量: 23928.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCMH1 / プラスミド: pET28a-MHL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96GD3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Ammonium Citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→83.05 Å / Num. all: 23100 / Num. obs: 23100 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2BIV

2biv

解像度: 1.75→83.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.327 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20351	1183	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16895	-	-	-
obs	0.17065	21905	99.33 %	-
all	-	21905	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.106 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	-0.45 Å²	0 Å²
2-	-	-0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→83.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1654	0	16	208	1878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.951	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.74	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.687	23.291	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.696	15	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.098	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.108	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.818	1.5	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.3	2	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.012	3	783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.081	4.5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.794 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	78	-
R_work	0.27	1475	-
obs	-	-	93.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	33.0802	17.3666	-2.7308	16.6825	2.7932	12.89	0.8035	-1.759	0.5778	1.5761	-0.5589	-0.6505	0.1223	0.1976	-0.2445	0.136	0.0393	-0.2467	-0.0499	-0.0678	0.0576	22.3132	74.1664	27.099
2	1.9976	-0.8212	1.0852	2.5696	-1.457	1.0474	-0.2521	-0.3403	0.2285	0.0655	0.1672	-0.0228	-0.0508	-0.1132	0.0849	0.0408	0.0505	-0.0152	0.0434	-0.0253	0.0417	14.9081	66.0877	22.5073
3	7.3464	-3.0532	-0.0262	1.2973	-0.1654	1.0944	-0.0646	-0.0985	0.1192	0.2355	0.1184	-0.1085	0.1	-0.1714	-0.0538	0.0064	0.0012	-0.0503	0.0417	0.024	0.0659	30.1911	47.7693	34.4002
4	3.2858	0.8555	-5.1084	4.3071	-4.073	9.7842	0.2516	0.4722	0.562	-0.1039	0.3219	0.4425	0.2225	-0.3597	-0.5734	0.0018	-0.067	-0.1184	0.1793	0.1418	0.0445	33.6465	43.3851	17.5719
5	1.6421	-1.0303	-0.4702	0.6541	0.1695	2.1837	-0.0405	0.3079	0.5944	0.0565	0.0599	-0.0862	0.1957	0.0335	-0.0194	-0.0186	-0.0119	-0.0566	0.0566	0.0715	0.1009	36.6229	47.9032	24.726
6	1.3304	-0.7187	0.8003	1.5868	-0.5799	0.4995	-0.0206	0.1779	0.2459	-0.0911	0.0271	-0.1029	0.1448	0.0064	-0.0065	0.0053	-0.001	-0.0468	0.0588	0.0653	0.0697	30.9708	46.1799	23.8058
7	8.5772	3.1406	-1.435	2.5617	-1.2532	1.6734	-0.2541	0.4876	0.1437	-0.4117	0.1049	0.0923	0.1901	-0.1011	0.1492	0.0777	0.0009	-0.0795	0.0699	0.008	-0.0986	39.0002	35.7789	18.1957
8	2.1171	-0.7354	-3.0368	2.168	2.5417	10.8259	-0.0233	0.1116	0.1236	-0.1729	0.1157	0.1038	-0.0474	-0.072	-0.0924	0.0665	-0.0096	-0.0433	0.0505	0.0124	-0.032	44.4072	33.8452	24.3852
9	8.8142	-0.8812	-0.5735	1.6203	-0.2257	1.1826	0.0857	-0.2653	0.3501	0.1039	0.1098	0.0387	0.3447	-0.069	-0.1955	0.0358	-0.0098	-0.0456	0.0426	0.0163	0.026	29.5048	39.7081	35.2382
10	24.2958	-11.3423	16.0701	5.4128	-7.1371	11.7616	0.2104	-1.042	-0.6038	-0.1796	0.3496	0.2343	0.1626	-0.7362	-0.56	-0.0079	-0.015	-0.0163	0.0723	0.0966	0.0627	18.0983	45.8781	26.4377
11	1.2153	-0.347	0.545	2.0084	-0.8673	0.5097	-0.1545	0.0966	0.0495	-0.0983	0.0266	-0.119	-0.0466	-0.0371	0.1279	0.0269	0.0024	0.0068	0.0286	0.0342	0.0333	15.4054	61.5402	15.7024
12	14.6856	-0.8282	9.3912	9.3907	9.2837	16.3118	-0.2081	1.285	0.1038	-0.0308	-0.2665	-0.5043	-0.3503	0.8223	0.4745	-0.1271	-0.0288	-0.0076	0.0831	0.1155	0.2477	34.0013	60.4245	19.0628
13	1.909	-0.3456	0.7875	1.2121	-0.4359	0.6162	-0.1276	0.1922	0.1494	-0.1766	-0.0804	-0.3383	-0.0481	0.0663	0.2081	0.0191	-0.018	0.0107	0.0145	0.0615	0.0769	21.6888	63.5476	12.3721
14	0.5206	-0.5411	0.0519	0.9544	-0.1818	1.0827	-0.0543	0.0615	0.0987	0.0198	-0.0175	-0.3336	-0.0034	0.0492	0.0719	-0.0023	-0.0006	0.0139	0.0385	0.0331	0.1001	23.0449	60.4532	14.716
15	4.507	0.9591	-1.8821	5.2107	-5.5466	6.3861	-0.3486	-0.3513	0.3109	0.2331	-0.0736	-0.289	-0.3351	0.0022	0.4222	0.0449	0.0343	-0.0656	-0.0031	0.0193	0.0477	25.4291	63.7392	27.7038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	27 - 31	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	32 - 52	6 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	53 - 63	27 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	64 - 72	38 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	73 - 97	47 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	98 - 116	72 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	117 - 132	91 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	133 - 147	107 - 121
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	148 - 154	122 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	155 - 161	129 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	162 - 177	136 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	178 - 182	152 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	183 - 203	157 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	204 - 223	178 - 197
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	224 - 235	198 - 209

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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