[日本語] English
万見
- PDB-2oxv: Structure of the A138T promiscuous mutant of the EcoRI restrictio... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oxv
タイトルStructure of the A138T promiscuous mutant of the EcoRI restriction endonuclease bound to its cognate recognition site.
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
  • Type II restriction enzyme EcoRI
キーワードhydrolase/DNA / EcoRI / type II restriction endonuclease / protein-DNA interactions / promiscuous mutant / relaxed specificity mutant / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRI / Restriction endonuclease, type II, EcoRI, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRI / ECO RI Endonuclease; Chain A / Eco RI Endonuclease, subunit A / Restriction endonuclease, type II, EcoRI/MunI / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sapienza, P.J. / Rosenberg, J.M. / Jen-Jacobson, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural and thermodynamic basis for enhanced DNA binding by a promiscuous mutant EcoRI endonuclease.
著者: Sapienza, P.J. / Rosenberg, J.M. / Jen-Jacobson, L.
履歴
登録2007年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
A: Type II restriction enzyme EcoRI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0992
ポリマ－35,0992
非ポリマー00
水2,450136
1
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
A: Type II restriction enzyme EcoRI

C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
A: Type II restriction enzyme EcoRI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1984
ポリマ－70,1984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.473, 116.473, 48.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細The biological assembly consists of an enzyme dimer bound to a DNA double helix.

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ABI3900 DNA synthesizer
#2: タンパク質 Type II restriction enzyme EcoRI / Endonuclease EcoRI / R.EcoRI


分子量: 31131.406 Da / 分子数: 1 / Mutation: A138T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ecoRIR / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00642, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: cryoprotectant solution is 40mM bis-tris Propane, 16% v/v PEG 400, 15% v/v glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2glycerol11
3PEG 40012
4glycerol12
5bis-tris Propane13

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月18日
詳細: Si(111) channel cut monochromator. Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut momochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→99 Å / Num. all: 27884 / Num. obs: 27856 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.01 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2283 / Χ2: 0.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CKQ

1ckq


解像度: 1.95→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2523 9.1 %random
Rwork0.202 ---
all-27690 --
obs-25266 91.2 %-
溶媒の処理Bsol: 61.189 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 40.131 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.683 Å2-4.593 Å20 Å2
2---3.683 Å20 Å2
3---7.366 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.254 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 263 0 136 2452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.324
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.5511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.5362
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.4422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.6472.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る