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- PDB-2ovm: Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovm
タイトルProgesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor NCoR
要素
  • NCoR
  • Progesterone receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Progesterone Receptor / PR / Nuclear Receptor / Steroid Receptor / Co-Repressor / Asoprisnil / NCoR
機能・相同性
機能・相同性情報


glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of phosphorylation / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of phosphorylation / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Progesterone receptor / Progesterone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Progesterone receptor / Progesterone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AS0 / Progesterone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Madauss, K.P. / Deng, S.-J. / Short, S.A. / Stewart, E.L. / Williams, S.P.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2007
タイトル: A structural and in vitro characterization of asoprisnil: a selective progesterone receptor modulator.
著者: Madauss, K.P. / Grygielko, E.T. / Deng, S.J. / Sulpizio, A.C. / Stanley, T.B. / Wu, C. / Short, S.A. / Thompson, S.K. / Stewart, E.L. / Laping, N.J. / Williams, S.P. / Bray, J.D.
履歴
登録2007年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns
Item: _reflns.d_resolution_low / _reflns.observed_criterion_sigma_F ..._reflns.d_resolution_low / _reflns.observed_criterion_sigma_F / _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Progesterone receptor
B: NCoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6543
ポリマ－32,2052
非ポリマー4501
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
2
A: Progesterone receptor
B: NCoR
ヘテロ分子

A: Progesterone receptor
B: NCoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3086
ポリマ－64,4094
非ポリマー8992
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area6450 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.514, 87.514, 90.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Progesterone receptor / PR


分子量: 29554.633 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain (residues 678-933) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGR, NR3C3 / プラスミド: pHis GST / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06401
#2: タンパク質・ペプチド NCoR


分子量: 2649.997 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2251-2275 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide
#3: 化合物 ChemComp-AS0 / 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME / J-867


分子量: 449.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, 0.15M NaCl, 10% glycerol, pH 8.0, spontaneous crystallization, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月24日 / 詳細: Osmic Blue mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 12673 / Num. obs: 12366 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 25.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PR LBD from 1A28 minus residues 930-933

1a28


解像度: 2.6→20 Å / FOM work R set: 0.856 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum Likelihood target
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 849 6.7 %random
Rwork0.219 ---
all0.22 12673 --
obs0.22 12366 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.02 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati sigma a obs: 0.266 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2033 0 33 59 2125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.201
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.6-2.660.302500.259672722
2.66-2.720.332430.258710753
2.72-2.790.275500.252686736
2.79-2.860.275590.253700759
2.86-2.940.285570.246678735
2.94-3.040.266560.24733789
3.04-3.150.253500.218711761
3.15-3.270.235480.228722770
3.27-3.420.271510.218703754
3.42-3.60.223600.206734794
3.6-3.830.225470.217725772
3.83-4.120.174490.178721770
4.12-4.530.219750.184725800
4.53-5.170.203550.175739794
5.17-6.480.345520.287754806
6.48-200.224470.212804851
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5aso.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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