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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ov5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the KPC-2 carbapenemase | ||||||
![]() | Carbapenemase | ||||||
![]() | HYDROLASE / carbapenemase / beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ke, W. / Bethel, C.R. / Thomson, J.M. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of KPC-2: Insights into Carbapenemase Activity in Class A beta-Lactamases. 著者: Ke, W. / Bethel, C.R. / Thomson, J.M. / Bonomo, R.A. / Akker, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dy6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27664.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): DH10B 参照: UniProt: Q93LQ9, UniProt: Q9F663*PLUS, beta-lactamase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 16% PEG6000, 0.1M bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | タイプ: hemihedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.42 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 64107 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DY6-A 解像度: 1.85→29.061 Å / 交差検証法: R-free / σ(F): 2573 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 34.797 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.821 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.061 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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