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- PDB-2ov2: The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ov2
タイトルThe crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4)
要素
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
  • Serine/threonine-protein kinase PAK 4
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / GTPase RAC3 / small GTP binding protein / p21 rac / ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / signalling protein / CRIB / kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic actin cytoskeleton organization / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / regulation of neuron maturation / dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly ...postsynaptic actin cytoskeleton organization / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / regulation of neuron maturation / dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / Activation of RAC1 / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neuromuscular process controlling balance / RHOV GTPase cycle / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / synaptic transmission, GABAergic / Rac protein signal transduction / filamentous actin / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / regulation of postsynapse assembly / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / homeostasis of number of cells within a tissue / endomembrane system / actin filament organization / cellular response to starvation / small monomeric GTPase / cell periphery / cell chemotaxis / adherens junction / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of cell growth / Wnt signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / calcium-dependent protein binding / cell migration / lamellipodium / regulation of cell shape / G protein activity / growth cone / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / neuron projection / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / focal adhesion / neuronal cell body / GTPase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Bunkoczi, G. / Debreczeni, J.E.D. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Ugochukwu, E. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Bunkoczi, G. / Debreczeni, J.E.D. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Knapp, S. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4)
著者: Ugochukwu, E. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Knapp, S. / Doyle, D.A.
履歴
登録2007年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
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-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
F: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
G: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
D: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
E: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
H: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
I: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
J: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
K: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
L: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
M: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
N: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
O: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
P: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,56643
ポリマ－192,73216
非ポリマー4,83427
水20,3931132
1
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
I: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7086
ポリマ－24,0912
非ポリマー6164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
J: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6725
ポリマ－24,0912
非ポリマー5813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area10250 Å2
手法PISA
3
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
K: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7346
ポリマ－24,0912
非ポリマー6434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
4
D: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
L: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6995
ポリマ－24,0912
非ポリマー6083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
5
E: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
M: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6725
ポリマ－24,0912
非ポリマー5813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
6
F: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
N: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7346
ポリマ－24,0912
非ポリマー6434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
7
G: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
O: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6725
ポリマ－24,0912
非ポリマー5813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
8
H: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
P: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6725
ポリマ－24,0912
非ポリマー5813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
9
E: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
H: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
M: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
P: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,34510
ポリマ－48,1834
非ポリマー1,1626
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
10
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
I: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
J: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,38011
ポリマ－48,1834
非ポリマー1,1977
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
11
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
K: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子

D: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
L: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,43411
ポリマ－48,1834
非ポリマー1,2517
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
12
F: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
N: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子

G: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
O: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,40711
ポリマ－48,1834
非ポリマー1,2247
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area8670 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.843, 73.859, 133.840
Angle α, β, γ (deg.)88.58, 87.76, 70.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12I
22J
32K
42L
52M
62N
72O
82P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLYGLYAA1 - 1782 - 179
21METMETLEULEUBC1 - 1772 - 178
31METMETGLYGLYCD1 - 1782 - 179
41METMETGLYGLYDF1 - 1782 - 179
51GLNGLNGLYGLYEG2 - 1783 - 179
61METMETGLYGLYFB1 - 1782 - 179
71METMETGLYGLYGE1 - 1782 - 179
81METMETGLYGLYHH1 - 1782 - 179
12GLUGLUILEILEII10 - 431 - 34
22GLUGLUILEILEJJ10 - 431 - 34
32GLUGLUILEILEKK10 - 431 - 34
42GLUGLUILEILELL10 - 431 - 34
52GLUGLUILEILEMM10 - 431 - 34
62GLUGLUILEILENN10 - 431 - 34
72GLUGLUILEILEOO10 - 431 - 34
82GLUGLULEULEUPP10 - 421 - 33

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 16分子 AFBCGDEHIJKLMNOP

#1: タンパク質
Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / RAC3 / p21-Rac3


分子量: 19934.928 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P60763
#2: タンパク質・ペプチド
Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / PAK4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4


分子量: 4156.529 Da / 分子数: 8 / Fragment: CRIB domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 1159分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9687 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9687 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→62.11 Å / Num. obs: 106111 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 44621 / Rsym value: 0.602 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G0N

2g0n


解像度: 2.1→62.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 9.181 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22453 5292 5 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
all0.1745 100750 --
obs0.1745 100750 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å2-0.42 Å2-0.04 Å2
2---0.09 Å20.02 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→62.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12994 0 284 1132 14410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213676
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Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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14D1112loose positional0.385
15E1112loose positional0.355
16F1112loose positional0.335
17G1112loose positional0.455
18H1112loose positional0.385
21I203loose positional0.455
22J203loose positional0.335
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28P203loose positional0.475
11A1019medium thermal0.532
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16F1019medium thermal0.492
17G1019medium thermal0.472
18H1019medium thermal0.542
21I191medium thermal0.612
22J191medium thermal0.532
23K191medium thermal0.562
24L191medium thermal0.532
25M191medium thermal0.412
26N191medium thermal0.552
27O191medium thermal0.432
28P191medium thermal0.432
11A1112loose thermal1.1610
12B1112loose thermal1.2410
13C1112loose thermal1.0910
14D1112loose thermal1.3210
15E1112loose thermal1.1210
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17G1112loose thermal1.1110
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21I203loose thermal0.9710
22J203loose thermal1.110
23K203loose thermal1.5810
24L203loose thermal1.2110
25M203loose thermal1.1210
26N203loose thermal0.8610
27O203loose thermal1.1710
28P203loose thermal110
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 386 -
Rwork0.239 6491 -
obs--86.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34250.0952-0.44531.1562-0.19271.6311-0.0251-0.10740.06210.0206-0.0054-0.0601-0.1070.07060.0304-0.21910.0408-0.0205-0.1562-0.0147-0.1359-14.1773-25.346522.6672
21.4878-0.47580.15970.696-0.10751.43990.05230.144-0.1059-0.0868-0.05670.0520.12890.04870.0044-0.19710.02980.0113-0.1264-0.0178-0.1193.8172-47.19989.5628
31.2809-0.11860.18691.4064-0.72692.44420.00710.1191-0.00680.049-0.0651-0.0024-0.12780.14750.058-0.20680.01910.0045-0.1433-0.0094-0.147515.978-54.030245.2454
40.69380.104-0.08512.41270.50022.33780.058-0.0785-0.13390.3717-0.0361-0.16430.2670.087-0.0219-0.07280.0589-0.0173-0.13990.0212-0.1151-9.1043-12.463858.2962
50.64850.22020.12931.70490.18751.2967-0.0246-0.0412-0.0546-0.0870.0897-0.0793-0.08390.1031-0.0651-0.15690.00010.0094-0.12520.0002-0.1553-15.8781-17.2739-9.7406
61.05930.15350.14631.3051-0.48881.6383-0.0804-0.01720.0443-0.00960.08960.08640.0065-0.1359-0.0092-0.1003-0.02790.0054-0.16390.0077-0.1504-0.4837-61.9647-28.8754
70.9051-0.2841-0.15190.7371-0.13572.08530.0667-0.0112-0.0264-0.0451-0.0524-0.0262-0.030.055-0.0144-0.0607-0.0267-0.0156-0.19590.007-0.153912.0359-46.609377.3963
81.6358-0.8151-0.57321.41780.46811.84210.2053-0.11160.1184-0.2317-0.0009-0.114-0.28780.1097-0.2044-0.0054-0.07280.056-0.1747-0.0157-0.1418-1.4564-22.851-36.7939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1782 - 179
2X-RAY DIFFRACTION1II10 - 431 - 34
3X-RAY DIFFRACTION2BC1 - 1772 - 178
4X-RAY DIFFRACTION2JJ11 - 442 - 35
5X-RAY DIFFRACTION3CD1 - 1782 - 179
6X-RAY DIFFRACTION3KK10 - 431 - 34
7X-RAY DIFFRACTION4DF1 - 1782 - 179
8X-RAY DIFFRACTION4LL10 - 441 - 35
9X-RAY DIFFRACTION5EG2 - 1783 - 179
10X-RAY DIFFRACTION5MM10 - 431 - 34
11X-RAY DIFFRACTION6FB1 - 1782 - 179
12X-RAY DIFFRACTION6NN10 - 441 - 35
13X-RAY DIFFRACTION7GE1 - 1782 - 179
14X-RAY DIFFRACTION7OO10 - 431 - 34
15X-RAY DIFFRACTION8HH1 - 1782 - 179
16X-RAY DIFFRACTION8PP10 - 421 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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