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- PDB-2ov0: Structure of the blue copper protein Amicyanin to 0.75 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ov0
タイトルStructure of the blue copper protein Amicyanin to 0.75 A resolution
要素Amicyanin
キーワードELECTRON TRANSPORT / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin ...Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / Amicyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 0.75 Å
データ登録者Carrell, C.J. / Davidson, V.L. / Chen, Z. / Cunane, L.M. / Trickey, P. / Mathews, F.S.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Ultrahigh resolution studies of amicyanin
著者: Carrell, C.J. / Davidson, V.L. / Chen, Z. / Cunane, L.M. / Trickey, P. / Mathews, F.S.
履歴
登録2007年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amicyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6874
ポリマ－11,5051
非ポリマー1823
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.540, 55.890, 27.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Amicyanin


分子量: 11505.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: mauC, ami / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22364
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 3 M sodium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.6526 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6526 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.75→20 Å / Num. all: 105738 / Num. obs: 105738 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
0.75-0.760.35149990.52593.5
0.76-0.780.3550270.72792.8
0.78-0.790.28251030.58494.9
0.79-0.810.23750610.57494.4
0.81-0.830.20951650.62895.2
0.83-0.840.18251340.71695.9
0.84-0.870.15552010.7996.1
0.87-0.890.13252380.85797.3
0.89-0.920.10553480.91398.9
0.92-0.940.08953410.97399.6
0.94-0.980.07754290.95899.8
0.98-1.020.06753970.84499.9
1.02-1.060.06253670.95499.8
1.06-1.120.05753801.0399.6
1.12-1.190.05154001.5299.7
1.19-1.280.11454010.979100
1.28-1.410.10254090.982100
1.41-1.620.08154261.101100
1.62-2.040.05754421.0999.8
2.04-200.02154701.15899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SHELX位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: PDB Entry 1AAC

1aac


解像度: 0.75→20 Å / Num. parameters: 9489 / Num. restraintsaints: 11191 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1418 8437 8 %RANDOM
Rwork0.1251 ---
all0.1263 105709 --
obs0.1251 105709 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 18 / Occupancy sum hydrogen: 794 / Occupancy sum non hydrogen: 1022
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数830 0 7 216 1053
拘束条件タイプ: s_bond_d / Dev ideal: 0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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