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- PDB-2ouh: Crystal structure of the Thrombospondin-1 N-terminal domain in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ouh
タイトルCrystal structure of the Thrombospondin-1 N-terminal domain in complex with fractionated Heparin DP10
要素Thrombospondin-1
キーワードCELL ADHESION / TSP-1 / TSPN-1 / HBD / Fractionated Heparin / DP10
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / collagen V binding / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of sprouting angiogenesis / chronic inflammatory response / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / engulfment of apoptotic cell / Defective B3GALTL causes PpS ...negative regulation of antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / collagen V binding / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of sprouting angiogenesis / chronic inflammatory response / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / engulfment of apoptotic cell / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / fibrinogen complex / negative regulation of focal adhesion assembly / low-density lipoprotein particle binding / peptide cross-linking / Signaling by PDGF / platelet alpha granule / negative regulation of interleukin-12 production / fibrinogen binding / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of plasminogen activation / positive regulation of macrophage activation / transforming growth factor beta binding / positive regulation of fibroblast migration / proteoglycan binding / sprouting angiogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / extracellular matrix structural constituent / endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of cGMP-mediated signaling / Syndecan interactions / negative regulation of interleukin-10 production / phosphatidylserine binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of endothelial cell proliferation / fibroblast growth factor binding / response to testosterone / behavioral response to pain / response to magnesium ion / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibronectin binding / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / response to unfolded protein / Integrin cell surface interactions / positive regulation of phosphorylation / response to glucose / response to mechanical stimulus / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / laminin binding / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of MAP kinase activity / extracellular matrix / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / secretory granule / sarcoplasmic reticulum / response to progesterone / positive regulation of translation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / cellular response to growth factor stimulus / response to calcium ion / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / integrin binding / Platelet degranulation / cell migration / cellular response to tumor necrosis factor / heparin binding / cellular response to heat / protease binding / : / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. ...Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tan, K. / Joachimiak, A. / Wang, J. / Lawler, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Heparin-induced cis- and trans-Dimerization Modes of the Thrombospondin-1 N-terminal Domain.
著者: Tan, K. / Duquette, M. / Liu, J.H. / Shanmugasundaram, K. / Joachimiak, A. / Gallagher, J.T. / Rigby, A.C. / Wang, J.H. / Lawler, J.
履歴
登録2007年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombospondin-1
B: Thrombospondin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6898
ポリマ－55,1122
非ポリマー5766
水1,56787
1
A: Thrombospondin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8444
ポリマ－27,5561
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thrombospondin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8444
ポリマ－27,5561
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.316, 41.069, 241.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細TSPN-1 is a monomer by itself. In presence of DP10, it forms a heparin-linked dimer.

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要素

#1: タンパク質 Thrombospondin-1


分子量: 27556.102 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THBS1, TSP, TSP1 / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS A
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): DROSOPHILA S2 CELL / 参照: UniProt: P07996
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG1500, 0.08M Sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99187 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月2日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 14771 / Num. obs: 14771 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 29.87
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / Num. unique all: 1048 / % possible all: 65.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SBC-Collectデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z78

1z78


解像度: 2.4→100 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: Fractionated heparin DP10 is chemically heterogeneous and partially disordered in the structure. Authors were able to identify only some SO4 groups from the heparin but not the heparin ...詳細: Fractionated heparin DP10 is chemically heterogeneous and partially disordered in the structure. Authors were able to identify only some SO4 groups from the heparin but not the heparin backbone due to its possible mobility. Instead, there are several water molecules being positioned into some uncharacterized densities near heparin binding sites. These densities are likely from partially disordered heparin dp10, not necessarily from water molecules. Including of these waters in the model was just for the refinement purposes.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 1140 -
Rwork0.253 --
all0.257 14228 -
obs0.257 14228 85.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3146 0 30 87 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.629
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.369 57
Rwork0.327 -
obs-760

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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