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- PDB-2oug: Crystal structure of the RfaH transcription factor at 2.1A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oug
タイトルCrystal structure of the RfaH transcription factor at 2.1A resolution
要素Transcriptional activator rfaH
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / virulence / transcription pausing / transcription elongation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory RNA binding / transcription antitermination factor activity, DNA binding / translation activator activity / DNA-templated transcription elongation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / positive regulation of translation / transcription antitermination / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NusG, N-terminal domain / Transcription antitermination protein RfaH / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription antitermination protein RfaH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vassylyev, D.G. / Vassylyeva, M.N. / Svetlov, V. / Artsimovitch, I.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural basis for converting a general transcription factor into an operon-specific virulence regulator.
著者: Belogurov, G.A. / Vassylyeva, M.N. / Svetlov, V. / Klyuyev, S. / Grishin, N.V. / Vassylyev, D.G. / Artsimovitch, I.
履歴
登録2007年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator rfaH
B: Transcriptional activator rfaH
C: Transcriptional activator rfaH
D: Transcriptional activator rfaH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4574
ポリマ－73,4574
非ポリマー00
水8,593477
1
A: Transcriptional activator rfaH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3641
ポリマ－18,3641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional activator rfaH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3641
ポリマ－18,3641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional activator rfaH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3641
ポリマ－18,3641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcriptional activator rfaH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3641
ポリマ－18,3641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.149, 45.149, 600.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional activator rfaH


分子量: 18364.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rfaH, hlyT, sfrB / プラスミド: pVS12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (lambdaDE3) / 参照: UniProt: P0AFW0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG MME 5000, 50mM sodium cacodylate, 20 mM Co chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月12日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 38387 / Num. obs: 38387 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3238 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 76.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE PERFECT MEROHEDRAL TWINNING WAS DETECTED IN THE CRYSTALS WITH THE TWINNING OPERATOR {H,-H,-K,-L}. THE REFINEMENT STATISTICS PRESENTED FOR THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE REFINEMENT CARRIED ...詳細: THE PERFECT MEROHEDRAL TWINNING WAS DETECTED IN THE CRYSTALS WITH THE TWINNING OPERATOR {H,-H,-K,-L}. THE REFINEMENT STATISTICS PRESENTED FOR THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE REFINEMENT CARRIED OUT USING THE TWINNING OPTION OF THE CNS PROGRAM. FOR THE DEPOSITION THE DIFFRACTION DATA WERE DETWINNED USING THE CNS PROGRAM. THEREFORE, SOME REFLECTIONS WERE LOST DUE TO THE DETWINNING PROCEDURE AND ARE MISSING IN THE DEPOSITED SF FILE, WHEREAS THE REFINEMENT STATISTICS CALCULATED BASED ON THE DETWINNED DATA MIGHT BE SLIGHTLY DIFFERENT FROM THOSE OBTAINED DURING THE "TWINNED" REFINEMENT INCLUDED IN THIS ENTRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2091 -random
Rwork0.238 ---
all0.242 38387 --
obs0.242 38387 93.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4504 0 0 477 4981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 151 -
Rwork0.332 --
obs-3238 76.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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