[日本語] English
万見
- PDB-2otk: Structure of Alzheimer Ab peptide in complex with an engineered b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2otk
タイトルStructure of Alzheimer Ab peptide in complex with an engineered binding protein
要素
  • Amyloid beta A4 protein
  • ZAb3 Affibody dimer
キーワードDE NOVO PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN / protein-peptide complex / beta-hairpin / intermolecular beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / forebrain development / Notch signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / neuron projection maintenance / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of glycolytic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / axonogenesis / adult locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / locomotory behavior / endosome lumen / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell activation / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / cognition / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of interleukin-6 production / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / cell-cell junction / synaptic vesicle / Platelet degranulation
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin FC, subunit C / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal ...Immunoglobulin FC, subunit C / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種engineered binding protein (unknown)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Ab initio simulated annealing
データ登録者Hoyer, W. / Hard, T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Stabilization of a beta-hairpin in monomeric Alzheimer's amyloid-beta peptide inhibits amyloid formation.
著者: Hoyer, W. / Gronwall, C. / Jonsson, A. / Stahl, S. / Hard, T.
#1: ジャーナル: J.BIOTECHNOL. / 年: 2007
タイトル: Selection and characterization of Affibody ligands binding to Alzheimer amyloid beta peptides
著者: Gronwall, C. / Jonsson, A. / Lindstrom, S. / Gunneriusson, E. / Stahl, S. / Herne, N.
履歴
登録2007年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation ...diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents
Remark 999SEQUENCE Fragments E and F is a dimer of an engineered binding protein, decribed in the Gronwall et ...SEQUENCE Fragments E and F is a dimer of an engineered binding protein, decribed in the Gronwall et al (2007) J. Biotechnol.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Amyloid beta A4 protein
E: ZAb3 Affibody dimer
F: ZAb3 Affibody dimer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9673
ポリマ－19,9673
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2910 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area5890 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A


分子量: 4335.852 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 672-711 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
#2: タンパク質 ZAb3 Affibody dimer


分子量: 7815.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) engineered binding protein (unknown) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1323D 13C-separated NOESY
1423D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Intermolecular NOEs assigned based on 3D F1 (13C,15N)-filtered, F2 (13C or 15N)-edited NOESY experiments

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Abeta peptide, 400 uM ZAb3 dimers, 20 mM Na-phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2400 uM Abeta peptide, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZAb3 dimers, 20 mM Na-phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMAbeta peptide[U-100% 13C; U-100% 15N]1
400 uMZAb3 dimersnatural abundance1
400 uMAbeta peptidenatural abundance2
400 uMZAb3 dimers[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMNa-phosphate buffernatural abundance1
20 mMNa-phosphate buffernatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM sodium phophate 7.2 ambient 298 K
220 mM sodium phosphate 7.2 ambient 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.15.0Kuszewski et al構造決定
CcpNmr Analysis1.1Varken et alデータ解析
NMRPipe2.3DeLaglio解析
Xplor-NIH2.15.0Kuszewski et al精密化
精密化手法: Ab initio simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 24

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る