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- PDB-2ot8: Karyopherin Beta2/Transportin-hnRNPM NLS Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ot8
タイトルKaryopherin Beta2/Transportin-hnRNPM NLS Complex
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M
  • Transportin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEAT REPEAT / NUCLEAR IMPORT COMPLEX / KARYOPHERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Intraflagellar transport / paraspeckles / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / FGFR2 alternative splicing / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / catalytic step 2 spliceosome ...Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Intraflagellar transport / paraspeckles / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / FGFR2 alternative splicing / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / small GTPase binding / cilium / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / protein import into nucleus / collagen-containing extracellular matrix / protein domain specific binding / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HnRNP M, nuclear localisation signal / hnRNPM, RNA recognition motif 3 / HnRNP M nuclear localisation signal / Importin beta family / HEAT repeat / HEAT repeat / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain ...HnRNP M, nuclear localisation signal / hnRNPM, RNA recognition motif 3 / HnRNP M nuclear localisation signal / Importin beta family / HEAT repeat / HEAT repeat / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M / Transportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cansizoglu, A.E. / Chook, Y.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure-based design of a pathway-specific nuclear import inhibitor.
著者: Cansizoglu, A.E. / Lee, B.J. / Zhang, Z.C. / Fontoura, B.M. / Chook, Y.M.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999sequence The central loop region of the sequence (Residues 324-366) was replaced by a GGSGG linker.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transportin-1
B: Transportin-1
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M
D: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,4914
ポリマ－200,4914
非ポリマー00
水00
1
A: Transportin-1
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2462
ポリマ－100,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area36660 Å2
手法PISA
2
B: Transportin-1
D: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2462
ポリマ－100,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area37190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.197, 155.001, 141.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transportin-1 / Importin beta-2 / Karyopherin beta-2 / M9 region interaction protein / MIP


分子量: 96622.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNPO1, KPNB2, MIP1, TRN / プラスミド: pGEX4t3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92973
#2: タンパク質・ペプチド Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M / hnRNP M


分子量: 3623.091 Da / 分子数: 2 / Fragment: hnRNPM NLS fragment (residues 41-70) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRPM / プラスミド: pGEX-4t3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52272

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, 2.7 M potassium formate, 10% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 63697 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 3.1→3.23 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H4M

2h4m


解像度: 3.1→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 3014 5 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.255 59224 98.8 %-
all-59907 --
原子変位パラメータBiso mean: 93.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.47 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12802 0 0 0 12802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 259 4.8 %
Rwork0.42 5151 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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