PDB-2osv: Crystal Structure of ZnuA from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2osv

タイトル

Crystal Structure of ZnuA from E. coli

要素

High-affinity zinc uptake system protein znuA

キーワード

METAL TRANSPORT / protein-zinc complex

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc ion import across plasma membrane / zinc ion transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / cell adhesion / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Li, H. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Zinc-binding Transport Protein ZnuA from Escherichia coli Reveals an Unexpected Variation in Metal Coordination.
著者: Li, H. / Jogl, G.

履歴

登録	2007年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2osv.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2osv.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2osv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2osv_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2osv_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	2osv_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	2osv_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2osv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2osv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5uya-d 5uyf-d 1esz-d 3ztt-1 1k0f-d 5uyv-d 5afs-d 6xpn-1 5ax0-d 5ntp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: High-affinity zinc uptake system protein znuA

B: High-affinity zinc uptake system protein znuA

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: High-affinity zinc uptake system protein znuA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: High-affinity zinc uptake system protein znuA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.980, 87.985, 86.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	High-affinity zinc uptake system protein znuA 分子量: 31177.219 Da / 分子数: 2 / 断片: active form (N-terminal signal peptide cleaved) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 Star / 参照: UniProt: P39172
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100mM sodium acetate, 25% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 56935 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.795 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 4156 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.7 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.3 / 反射: 60659

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	17.092	0.373	0.578	0.093	0.413
2	Se	20.104	0.604	0.418	0.056	0.414
3	Se	25.662	0.653	0.36	0.085	0.431
4	Se	19.695	0.294	0.056	0.188	0.397
5	Se	21.855	0.729	0.949	0.144	0.416
6	Se	21.517	0.623	0.378	0.199	0.385
7	Se	17.231	0.268	0.558	0.002	0.376
8	Se	18.829	0.364	0.62	0.229	0.444
9	Se	14.828	0.279	0.675	0.097	0.247
10	Se	26.914	0.328	0.639	0.124	0.432
11	Se	22.247	0.202	0.062	0.041	0.298
12	Se	17.639	0.704	0.325	0.06	0.227
13	Se	32.872	0.4	0.293	0.001	0.18

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.13-30	0.43	3010
3.86-6.13	0.45	5145
3.02-3.86	0.43	6486
2.56-3.02	0.4	7601
2.26-2.56	0.34	8541
2.05-2.26	0.27	9421
1.88-2.05	0.2	9954
1.75-1.88	0.14	10501

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.11	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.54 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	2868	5 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
all	0.177	-	-	-
obs	-	56935	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.833 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4038	0	2	596	4636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	1.973	5714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.453	5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.312	24.884	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.865	15	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.423	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.082	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.764	1.5	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.157	2	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.203	3	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.6	4.5	1389

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	203	-
R_work	0.197	3953	-
obs	-	4156	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9435	0.0319	-0.3924	1.0985	0.4275	1.3255	-0.0172	0.016	-0.0233	0.0466	-0.0012	0.0919	-0.0266	-0.0356	0.0184	-0.0345	0.002	0.0132	-0.0389	0.0076	-0.0347	48.2319	38.9001	15.0354
2	0.7278	-0.5102	-1.3726	1.6632	2.2604	4.2603	0.061	-0.0623	0.1205	-0.0434	0.0587	-0.0105	-0.1361	0.184	-0.1197	-0.0259	-0.0278	0.0071	-0.0219	-0.007	-0.0309	62.7567	47.6735	7.852
3	0.6042	0.2191	-0.1453	1.8498	0.7852	1.353	-0.0897	0.0128	-0.0403	-0.0215	0.055	-0.0141	0.1717	0.0767	0.0347	-0.0174	0.0002	0.02	-0.0283	-0.0007	-0.0427	60.5185	26.4025	-0.9339
4	0.8328	0.0574	0.5007	1.29	0.4016	1.482	-0.012	0.0445	0.0246	-0.095	0.0065	0.0475	-0.0089	-0.0789	0.0056	-0.0469	-0.0086	0.0028	-0.0295	0.0079	-0.0268	48.7887	7.1765	23.9416
5	1.3835	1.1176	2.4371	1.6792	2.5503	5.5356	0.0695	0.0706	-0.2004	0.0416	0.0688	-0.117	0.1553	0.1618	-0.1383	-0.0437	0.0353	0.0052	-0.0433	0.0022	0.0097	64.6765	-3.3446	31.2175
6	1.037	-0.3435	0.3913	1.4608	0.4452	1.5346	-0.1183	-0.0475	0.0962	0.1258	0.0501	-0.1167	-0.1221	0.0263	0.0682	-0.0349	-0.0018	-0.0228	-0.0425	0.0055	-0.0117	61.8248	17.5475	41.0936

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	45 - 135	1 - 91
2	1	A	A	157 - 184	113 - 140
3	2	A	A	185 - 220	141 - 176
4	3	A	A	221 - 327	177 - 283
5	4	B	B	45 - 136	1 - 92
7	5	B	B	185 - 220	141 - 176
8	6	B	B	221 - 327	177 - 283

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