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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2os3 | ||||||
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タイトル | Structures of actinonin bound peptide deformylases from E. faecalis and S. pyogenes | ||||||
要素 | Peptide deformylaseペプチドデホルミラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PDF / peptide deformylase (ペプチドデホルミラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes M1 GAS (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, E.E. / Kim, K.-H. / Moon, J.H. / Choi, K. / Lee, H.K. / Parh, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structures of actinonin bound peptide deformylases from E. faecalis and S. pyogenes 著者: Kim, E.E. / Kim, K.-H. / Moon, J.H. / Choi, K. / Lee, H.K. / Park, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2os3.cif.gz | 59 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2os3.ent.gz | 41.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2os3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2os3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2os3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23004.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes M1 GAS (化膿レンサ球菌) 生物種: Streptococcus pyogenes化膿レンサ球菌 / 株: ATCC 700294 / 遺伝子: def / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68771, ペプチドデホルミラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
#3: 化合物 | ChemComp-BB2 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.12714 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12714 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 13084 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 26.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LQY 解像度: 2.26→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 288722.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.8706 Å2 / ksol: 0.358824 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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