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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2orm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue DmpI from Helicobacter pylori. | ||||||
要素 | Probable tautomerase HP0924 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / homohexamer / 4-OT / 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Hackert, M.L. / Whitman, C.P. / Almrud, J.J. / Dasgupta, R. / Czerwinski, R.M. / Kern, A.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2010 タイトル: Kinetic and structural characterization of DmpI from Helicobacter pylori and Archaeoglobus fulgidus, two 4-oxalocrotonate tautomerase family members. 著者: Almrud, J.J. / Dasgupta, R. / Czerwinski, R.M. / Kern, A.D. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2orm.cif.gz | 85.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2orm.ent.gz | 65.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2orm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2orm_validation.pdf.gz | 458.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2orm_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2orm_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2orm_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2orm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2orm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7389.381 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / 遺伝子: dmpi (GI 7449587) / プラスミド: pET 24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: O25581, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7.5 詳細: 2 uL of protein (20 mg/mL) in 20mM phosphate buffer (pH 7.4) were mixed with 2 uL of 0.2M CaCl2, 0.1M Hepes (pH 7.5), and 28% PEG 400. This combined volume was equilibrated at 4 degrees ...詳細: 2 uL of protein (20 mg/mL) in 20mM phosphate buffer (pH 7.4) were mixed with 2 uL of 0.2M CaCl2, 0.1M Hepes (pH 7.5), and 28% PEG 400. This combined volume was equilibrated at 4 degrees Celcius against 50 uL of 0.2M CaCl2, 0.1M Hepes (pH 7.5), and 28% PEG 400 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→24.5 Å / Num. obs: 20368 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.94 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 90 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BJP 解像度: 2.1→24.5 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: RANDOM / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
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