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- PDB-2oqh: Crystal structure of an isomerase from Streptomyces coelicolor A3(2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oqh
タイトルCrystal structure of an isomerase from Streptomyces coelicolor A3(2)
要素Putative isomerase
キーワードISOMERASE / 9291a / PSI-II / PSI-2 / NYSGXRC / enolase / tim barrel / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
glucarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an isomerase from Streptomyces coelicolor
著者: Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2007年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS A MONOMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative isomerase
B: Putative isomerase
C: Putative isomerase
D: Putative isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3598
ポリマ－166,9754
非ポリマー3844
水17,024945
1
A: Putative isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8402
ポリマ－41,7441
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8402
ポリマ－41,7441
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8402
ポリマ－41,7441
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8402
ポリマ－41,7441
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Putative isomerase
C: Putative isomerase
ヘテロ分子

A: Putative isomerase
C: Putative isomerase
ヘテロ分子

A: Putative isomerase
C: Putative isomerase
ヘテロ分子

A: Putative isomerase
C: Putative isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,71816
ポリマ－333,9508
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area27680 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area93070 Å2
手法PISA, PQS
6
B: Putative isomerase
D: Putative isomerase
ヘテロ分子

B: Putative isomerase
D: Putative isomerase
ヘテロ分子

B: Putative isomerase
D: Putative isomerase
ヘテロ分子

B: Putative isomerase
D: Putative isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,71816
ポリマ－333,9508
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.336, 120.336, 126.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

-
要素

#1: タンパク質
Putative isomerase


分子量: 41743.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
生物種: Streptomyces coelicolor / 株: A3(2), M145 / 遺伝子: SCO7570, SC5F1.24 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9F3A5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 12% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 125276 / Num. obs: 125276 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 12509 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→36.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 104391.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 3682 3 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.205 121653 --
obs0.205 121653 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.4667 Å2 / ksol: 0.377628 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→36.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11024 0 20 945 11989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 607 3.2 %
Rwork0.228 18649 -
obs--92.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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