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万見
- PDB-2ool: Crystal structure of the chromophore-binding domain of an unusual... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ool
タイトルCrystal structure of the chromophore-binding domain of an unusual bacteriophytochrome RpBphP3 from R. palustris
要素Sensor protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / bacteriophytochrome / photoconversion / photoreceptor / biliverdin
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, X. / Stojkovic, E.A. / Kuk, J. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the chromophore binding domain of an unusual bacteriophytochrome, RpBphP3, reveals residues that modulate photoconversion.
著者: Yang, X. / Stojkovic, E.A. / Kuk, J. / Moffat, K.
履歴
登録2007年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年4月4日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8344
ポリマ－74,6632
非ポリマー1,1712
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.866, 151.866, 75.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

詳細The biological assembly exists as a dimer in the asymmetric unit with the 6-helix bundle at the dimer interface.

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 37331.438 Da / 分子数: 2 / 断片: chormophore binding domain (Residues: 1-337) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: phyB2 / プラスミド: pRSETB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6N5G2
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: protein concentration of 12mg/ml in 100 mM tri-sodium citrate pH 5.6, 6% isopropanol (v/v), and 7% PEG 4000 (w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C10.9
シンクロトロンAPS 19-ID20.97
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年2月22日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年2月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(III) double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2bend cylindrical Ge(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.971
Reflection冗長度: 13.9 % / Av σ(I) over netI: 10.7 / 数: 806919 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.45 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 58049 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.525095.810.0352.27812.6
3.594.5298.910.062.85813.9
3.143.5999.410.0821.59614.6
2.853.1499.710.1581.23814.7
2.652.8599.710.3021.18514.7
2.492.6599.710.4711.13714.8
2.372.4999.810.8131.10314.8
2.262.3799.911.07114.5
2.182.2699.911.05513.4
2.12.1810011.02911
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 59009 / Num. obs: 58049 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 11 % / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.8 Å9.98 Å
Translation3.8 Å9.98 Å
Phasing dmFOM : 0.49 / FOM acentric: 0.49 / FOM centric: 0.57 / 反射: 30531 / Reflection acentric: 28350 / Reflection centric: 2181
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.3-28.7130.950.960.913191084235
4.6-7.30.880.890.8243973941456
3.7-4.60.830.830.8246954341354
3.2-3.70.590.60.5446504356294
2.7-3.20.280.280.397509196554
2.6-2.70.10.090.1457205432288

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
14BMChomemadeデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: modified PDB entry 1ZTU

1ztu


解像度: 2.2→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 11.889 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23102 3595 7.6 %RANDOM
Rwork0.18828 ---
obs0.19157 43956 93.29 %-
all-51388 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.38 Å21.19 Å20 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3----3.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.179 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4731 0 86 215 5032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.9756833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9823.0028110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5085611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83622.467227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.56715773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3991552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21011
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.23485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22577
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4610.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4250.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0751.53974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1861.51198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23524985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96532216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6714.51846
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 217 -
Rwork0.25 2880 -
obs--82.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3917-0.4807-0.27252.6738-0.47162.2950.0179-0.08520.14630.0416-0.04550.1419-0.0232-0.05990.0275-0.0297-0.0165-0.0265-0.4463-0.0599-0.234783.29499.652717.2499
21.3233-0.6445-0.59262.23291.11232.76-0.1254-0.0007-0.2306-0.00320.17350.05220.1502-0.3194-0.0481-0.03480.10370.0323-0.03640.07210.048652.450423.354133.1112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 33327 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2BB27 - 33027 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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