PDB-2ooc: Crystal structure of Histidine Phosphotransferase ShpA (NP_419930...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ooc

タイトル

Crystal structure of Histidine Phosphotransferase ShpA (NP_419930.1) from Caulobacter crescentus at 1.52 A resolution

要素

Histidine phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / NP_419930.1 / hypothetical protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Caulobacter crescentus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of histidine phosphotransfer protein ShpA, an essential regulator of stalk biogenesis in Caulobacter crescentus.
著者: Xu, Q. / Carlton, D. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Krishna, S.S. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Burra, P. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elias, Y. / Feuerhelm, J. ...

履歴

登録	2007年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ooc_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ooc_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	2ooc_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	2ooc_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ooc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ooc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ywy-1 2ywz-d 2kdq-d 2qho-4 5l2h-4 3u3b-1 5jnp-2 2bc5-3 3jzy-d 5f26-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 369423

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histidine phosphotransferase

B: Histidine phosphotransferase

ヘテロ分子

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine phosphotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histidine phosphotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.373, 62.373, 115.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: 6

Dom-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	A	A	8 - 111	9 - 112
2	GLY	B	B	8 - 112	9 - 113

#1: タンパク質	Histidine phosphotransferase 分子量: 12079.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア) 生物種: Caulobacter vibrioides / 株: CB15 / 遺伝子: NP_419930.1, shpA, CC1114 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 参照: UniProt: A0EJF9, UniProt: Q9A980*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2.69	54.2	THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD METHOD USING A DIFFERENT CRYSTAL. THE PHASE RESTRAINTS FROM THAT CRYSTAL WERE USED IN THE CURRENT REFINEMENT.
2			THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD METHOD USING A DIFFERENT CRYSTAL. THE PHASE RESTRAINTS FROM THAT CRYSTAL WERE USED IN THE CURRENT REFINEMENT.

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	6.9	NANODROP, 1.5% polyethylene glycol 400, 15.0% Glycerol, 1.9M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	6.9	NANODROP, 1.5% polyethylene glycol 400, 15.0% Glycerol, 1.9M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.91837
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	2	0.918381, 0.978575

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2007年1月18日	Flat mirror (vertical focusing)
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2007年1月17日	1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID	モノクロメーター
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1	Double-crystal

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.918381	1
3	0.978575	1

反射

解像度: 1.52→28.89 Å / Num. obs: 40951 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.52-1.56	5.1	0.811	0.9	15275	2993	0.811	100
1.56-1.6	5.2	0.649	1.2	14959	2895	0.649	100
1.6-1.65	5.2	0.501	1.5	14716	2823	0.501	100
1.65-1.7	5.3	0.381	2	14415	2736	0.381	100
1.7-1.76	5.3	0.333	2.3	14377	2695	0.333	100
1.76-1.82	5.4	0.247	3.1	13754	2557	0.247	100
1.82-1.89	5.4	0.198	3.8	13660	2521	0.198	100
1.89-1.96	5.4	0.159	4.6	12989	2406	0.159	100
1.96-2.05	5.5	0.123	5.6	12474	2288	0.123	100
2.05-2.15	5.4	0.103	6.5	12122	2242	0.103	100
2.15-2.27	6.7	0.123	5	14182	2111	0.123	100
2.27-2.4	9.4	0.128	5.2	18938	2012	0.128	100
2.4-2.57	10.9	0.108	6	20388	1878	0.108	100
2.57-2.78	10.9	0.087	7.6	19205	1766	0.087	100
2.78-3.04	10.9	0.07	9.2	17848	1638	0.07	100
3.04-3.4	10.7	0.061	10.1	15972	1486	0.061	100
3.4-3.92	10.6	0.051	11.2	14153	1329	0.051	100
3.92-4.81	10.4	0.051	11.6	11819	1141	0.051	100
4.81-6.8	9.9	0.05	12.4	8923	897	0.05	100
6.8-28.94	7.7	0.045	12.5	4143	537	0.045	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.52→28.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 3.072 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.069
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	2051	5 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
all	0.168	-	-	-
obs	0.168	40897	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.111 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.12 Å²	0.56 Å²	0 Å²
2-	-	1.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→28.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1547	0	37	219	1803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.704	1.958	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.047	3	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.608	5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.183	24.198	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.712	15	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.333	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.087	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.3	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.352	3	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.588	3	444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.037	5	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.298	8	694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.786	11	620

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1157 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
LOOSE POSITIONAL	1.12	5
LOOSE THERMAL	3.28	10

LS精密化シェル

解像度: 1.52→1.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	163	-
R_work	0.263	2778	-
obs	-	2941	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9888	-0.7866	-0.6149	0.4627	0.5752	0.9294	-0.0353	-0.0212	-0.0982	-0.1444	0.0697	-0.057	-0.1103	-0.0085	-0.0345	-0.0259	-0.0286	0.0089	-0.0153	-0.0036	0.0059	34.009	27.791	0.893
2	0.8997	0.1368	-0.1592	1.8964	-0.985	2.5444	0.0047	-0.1855	0.0389	0.1681	0.1512	0.0902	-0.1974	-0.2762	-0.1559	-0.0683	0.0269	0.0135	0.027	-0.0023	0.0163	41.055	37.628	20.604

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	8 - 111	9 - 112
2	2	B	B	8 - 112	9 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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