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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ony | ||||||
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タイトル | Structure of hPNMT with inhibitor 7-(N-4-chlorophenylaminosulfonyl)-THIQ and AdoHcy | ||||||
![]() | Phenylethanolamine N-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drinkwater, N. / Martin, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzyme Adaptation to Inhibitor Binding: A Cryptic Binding Site in Phenylethanolamine N-Methyltransferase 著者: Gee, C.L. / Drinkwater, N. / Tyndall, J.D.A. / Grunewald, G.L. / Wu, Q. / McLeish, M.J. / Martin, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TMJ / | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 8% PEG6K, 0.25M LiCl, 0.1M cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: MaxScreen / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→45.58 Å / Num. obs: 26667 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.17 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 14.3 / Scaling rejects: 1245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HNN 解像度: 2.6→45.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 549065.438 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.766 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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