PDB-2on7: Structure of NaGST-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2on7

タイトル

Structure of NaGST-1

要素

Na Glutathione S-transferase 1

キーワード

TRANSFERASE / GST / hookworm / Necator

機能・相同性

Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Necator americanus (あめりかこうちゅう)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Asojo, O.A. / Ngamelue, M. / Homma, H. / Goud, G. / Zhan, B. / Hotez, P.J.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: X-ray structures of Na-GST-1 and Na-GST-2 two glutathione s-transferase from the human hookworm Necator americanus
著者: Asojo, O.A. / Homma, K. / Sedlacek, M. / Ngamelue, M. / Goud, G.N. / Zhan, B. / Deumic, V. / Asojo, O. / Hotez, P.J.

履歴

登録	2007年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2on7.cif.gz	173.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2on7.ent.gz	139.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2on7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2on7_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2on7_full_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示
XML形式データ	2on7_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	2on7_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/2on7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/2on7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2on5C 1tw9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oft-d 4ofm-2 4ofn-d 1hnc-1 4ofm-1 1xw5-d 1yj6-1 4gtu-3 2f3m-1 4gtu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Na Glutathione S-transferase 1

B: Na Glutathione S-transferase 1

C: Na Glutathione S-transferase 1

D: Na Glutathione S-transferase 1

94.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Na Glutathione S-transferase 1

D: Na Glutathione S-transferase 1

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Na Glutathione S-transferase 1

C: Na Glutathione S-transferase 1

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.975, 80.683, 200.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 206 / Label seq-ID: 1 - 206

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Na Glutathione S-transferase 1 / NaGST-1 分子量: 23710.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Necator americanus (あめりかこうちゅう) プラスミド: pPICZaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG, acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月1日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 47226 / Num. obs: 47226 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3106 / R_sym value: 0.256 / % possible all: 66.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 1TW9

1tw9

解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 10.997 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.752 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28353	1611	5 %	RANDOM
R_work	0.18951	-	-	-
all	0.19418	-	-	-
obs	0.19418	30348	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.589 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6696	0	0	234	6930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6860
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.75	1.971	9252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.531	5	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.918	23.827	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.593	15	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.819	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	4673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.683	1.5	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.093	2	6632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.036	3	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.856	4.5	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	824	medium positional	0.32	0.5
2	B	824	medium positional	0.36	0.5
3	C	824	medium positional	0.45	0.5
4	D	824	medium positional	0.35	0.5
1	A	850	loose positional	0.82	5
2	B	850	loose positional	0.85	5
3	C	850	loose positional	1.13	5
4	D	850	loose positional	0.98	5
1	A	824	medium thermal	0.89	2
2	B	824	medium thermal	0.8	2
3	C	824	medium thermal	0.86	2
4	D	824	medium thermal	0.75	2
1	A	850	loose thermal	2.16	10
2	B	850	loose thermal	2.05	10
3	C	850	loose thermal	2.27	10
4	D	850	loose thermal	2.23	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	109	-
R_work	0.174	2181	-
obs	-	-	98.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6606	-0.723	-0.5903	1.5939	0.1465	4.257	-0.1009	0.2459	-0.186	-0.0958	-0.1064	0.1718	0.1176	-0.3711	0.2073	-0.1767	0.0536	0.0163	-0.1317	0.0189	-0.1296	-1.3968	55.0562	63.2763
2	3.1824	-0.8993	-1.4485	1.9737	-0.409	6.1468	-0.0734	0.3833	-0.1599	-0.0173	-0.0419	0.1974	-0.1079	-0.6833	0.1153	-0.1948	0.0745	0.0193	-0.0547	-0.0008	-0.1602	-25.9893	15.517	63.0114
3	2.0302	-0.6942	-0.3315	3.2067	-1.0794	3.9125	-0.0982	-0.0262	-0.1773	0.1671	-0.125	-0.0004	0.1471	-0.1455	0.2232	-0.1271	0.0594	0.0074	-0.1956	0.035	-0.1667	-21.241	6.7099	86.6693
4	1.8265	-0.7953	-0.2311	3.2795	-0.9291	3.7778	-0.0982	-0.104	-0.2105	0.0848	-0.1694	0.0534	0.2338	0.0594	0.2676	-0.1087	0.0852	0.0287	-0.1709	0.0568	-0.1371	3.6758	47.4944	87.0586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 206	1 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 206	1 - 206
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 206	1 - 206
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 206	1 - 206

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