PDB-4ofm: Triclinic NaGST1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ofm

タイトル

Triclinic NaGST1

要素

Glutathione S-transferase-1

キーワード

TRANSFERASE / GST

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Necator americanus (あめりかこうちゅう)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Asojo, O.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structure of glutathione S-transferase 1 from the major human hookworm parasite Necator americanus (Na-GST-1) in complex with glutathione.
著者: Asojo, O.A. / Ceccarelli, C.

履歴

登録	2014年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ofm.cif.gz	172.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ofm.ent.gz	139.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ofm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4ofm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4ofm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ofnC 4oftC 2on7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ofn-d 3w8s-1 2on7-2 2on7-1 2oad-d 1glq-d 2c4j-2 1aqw-1 4oft-d 3km6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase-1

B: Glutathione S-transferase-1

C: Glutathione S-transferase-1

D: Glutathione S-transferase-1

ヘテロ分子

96.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase-1

B: Glutathione S-transferase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutathione S-transferase-1

D: Glutathione S-transferase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.197, 47.839, 103.116
Angle α, β, γ (deg.)	80.54, 78.70, 61.99
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	2 - 205	2 - 205
2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	2 - 205	2 - 205
1	2	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	2 - 205	2 - 205
2	2	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	2 - 205	2 - 205
1	3	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	2 - 205	2 - 205
2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	2 - 205	2 - 205
1	4	MET	MET	PHE	PHE	B	B	1 - 206	1 - 206
2	4	MET	MET	PHE	PHE	C	C	1 - 206	1 - 206
1	5	MET	MET	PHE	PHE	B	B	1 - 206	1 - 206
2	5	MET	MET	PHE	PHE	D	D	1 - 206	1 - 206
1	6	MET	MET	PHE	PHE	C	C	1 - 206	1 - 206
2	6	MET	MET	PHE	PHE	D	D	1 - 206	1 - 206

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase-1 分子量: 23710.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Necator americanus (あめりかこうちゅう) 遺伝子: gst-1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: D3U1A5
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 30% PEG 400, 100mM protoporphyrin IX disodium salt, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.776
1	1	H, H-K, H-L	2	0.224

反射

解像度: 2.64→100.76 Å / Num. obs: 19062 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度: 2.64→2.85 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
CrysalisPro	Pro	データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2ON7

2on7

解像度: 2.64→14.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.885 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.819 / SU B: 14.184 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26916	997	5 %	RANDOM
R_work	0.21922	-	-	-
obs	0.22177	19062	91.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0.05 Å²	0.14 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0.06 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→14.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6688	0	80	99	6867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6945
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	6689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.984	9358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.456	3	15432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.927	5	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.936	23.827	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.111	15	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.874	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	1.77	3288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.694	1.77	3287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.219	2.653	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.481	1.831	3657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.703	12.225	10732
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11952	0.14
1	2	B	11952	0.14
2	1	A	11932	0.14
2	2	C	11932	0.14
3	1	A	11753	0.15
3	2	D	11753	0.15
4	1	B	12222	0.12
4	2	C	12222	0.12
5	1	B	12029	0.14
5	2	D	12029	0.14
6	1	C	12094	0.14
6	2	D	12094	0.14

LS精密化シェル

解像度: 2.64→2.711 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	20	-
R_work	0.285	402	-
obs	-	-	26.74 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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