PDB-2omn: Bence Jones KWR Protein- Immunoglobulin Light Chain Dimer, P4(3)2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2omn

タイトル

Bence Jones KWR Protein- Immunoglobulin Light Chain Dimer, P4(3)2(1)2 Crystal Form

要素

Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Light Chain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHENOL

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Makino, D.L. / Larson, S.B. / McPherson, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Bence Jones KWR protein structures determined by X-ray crystallography.
著者: Makino, D.L. / Henschen-Edman, A.H. / Larson, S.B. / McPherson, A.

履歴

登録	2007年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2omn.cif.gz	92.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2omn.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2omn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2omn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2omn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oldC 2ombC 1dclS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ifj-4 5fhb-d 4evn-3 2aj3-3 6dl8-2 5tqa-1 4xce-3 4nki-d 4c83-2 4c83-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain

B: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain

ヘテロ分子

45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.63, 68.63, 181.66
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体	Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain 分子量: 22698.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: urine / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 株: KWR
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル分子量: 94.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→46.88 Å / Num. all: 20595 / Num. obs: 20595 / % possible obs: 76.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.1 Å² / Limit h max: 32 / Limit h min: 0 / Limit k max: 18 / Limit k min: 0 / Limit l max: 73 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 229355.06 / Observed criterion F min: 0.27 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 2.08→2.16 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 394 / R_sym value: 0.336 / % possible all: 15.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DCL

1dcl

解像度: 2.2→45 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: PARAMETERS FOR PYROGLUTAMIC ACID AND PHENOL WERE OBTAINED FROM HETERO-COMPOUND INFORMATION CENTRE - UPPSALA.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	1929	9.8 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
all	0.232	19702	-	-
obs	0.232	19702	86 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 37.1035 Å² / k_sol: 0.337824 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.05 Å² / B_iso mean: 58.22 Å² / B_iso min: 32.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.99 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.46 Å	0.35 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.53 Å	0.45 Å
Luzzati d res high	-	2.2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3192	0	22	98	3312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0067
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.44
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.82
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.416
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.415
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.617
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.81

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / R_factor R_free error: 0.038

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	109	10.3 %
R_work	0.403	946	-
all	-	2229	-
obs	-	1055	47.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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