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- PDB-2omf: OMPF PORIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2omf
タイトルOMPF PORIN
要素MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
キーワードINTEGRAL MEMBRANE PROTEIN PORIN / PORIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / monoatomic ion channel complex / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / monoatomic ion channel complex / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cowan, S.W.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The Refined Structure of Ompf Porin from E.Coli at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Cowan, S.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structures Explain Functional Properties of Two E.Coli Porins
著者: Cowan, S.W. / Schirmer, T. / Rummel, G. / Steiert, M. / Ghosh, R. / Pauptit, R.A. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Trigonal Crystals of Porin from Escherichia Coli
著者: Pauptit, R.A. / Zhang, H. / Rummel, G. / Schirmer, T. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P.
履歴
登録1995年2月28日処理サイト: BNL
置き換え1995年12月7日ID: 1OMF
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,79213
ポリマ－37,1141
非ポリマー3,67712
水2,306128
1
A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子

A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子

A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,37539
ポリマ－111,3433
非ポリマー11,03236
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area13180 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area45570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.500, 118.500, 52.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 340 1ST SUBUNIT TO 2ND SUBUNIT IN TRIMER SYMMETRY1 1 -0.500000 0.865979 0.000000 -59.25000 SYMMETRY2 1 -0.866071 -0.500000 0.000000 102.63000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 340 1ST SUBUNIT TO THIRD SUBUNIT IN TRIMER SYMMETRY1 2 -0.500000 -0.865979 0.000000 59.25000 SYMMETRY2 2 0.866071 -0.500000 0.000000 102.63000 SYMMETRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F / MATRIX PORIN / OMPF PORIN


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年12月11日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 16989 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0
詳細: ASN 27 COULD NOT BE MODELED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND IS INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION (WITH OCCUPANCIES SET TO ZERO). THE HET RESIDUES 341 - 354 ...詳細: ASN 27 COULD NOT BE MODELED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND IS INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION (WITH OCCUPANCIES SET TO ZERO). THE HET RESIDUES 341 - 354 HAVE NOT BEEN IDENTIFIED UNAMBIGUOUSLY AND HAVE BEEN MODELED AS FRAGMENTS OF THE DETERGENT OCTYL-TETRAOXYETHYLENE (C8E).
Rfactor反射数
Rwork0.167 -
obs0.167 16429
原子変位パラメータBiso mean: 31.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2627 0 72 128 2827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.687
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.01
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.212
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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