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万見
- PDB-2omb: Bence Jones KWR Protein- Immunoglobulin Light Chain Dimer, P3(1)2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2omb
タイトルBence Jones KWR Protein- Immunoglobulin Light Chain Dimer, P3(1)21 Crystal Form
要素Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Light Chain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHENOL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Makino, D.L. / Larson, S.B. / McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Bence Jones KWR protein structures determined by X-ray crystallography.
著者: Makino, D.L. / Henschen-Edman, A.H. / Larson, S.B. / McPherson, A.
履歴
登録2007年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
B: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
C: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
D: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,84815
ポリマ－90,7964
非ポリマー1,05311
水28816
1
A: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
B: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9728
ポリマ－45,3982
非ポリマー5746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
2
C: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
D: Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8767
ポリマ－45,3982
非ポリマー4785
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.520, 153.520, 93.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体
Bence Jones KWR Protein - Immunoglobulin Light Chain


分子量: 22698.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: urine / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 株: KWR
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-IPH / PHENOL


分子量: 94.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/HCl pH8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 27674 / Num. obs: 27674 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2 / Limit h max: 45 / Limit h min: 0 / Limit k max: 45 / Limit k min: 0 / Limit l max: 31 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 699481.23 / Observed criterion F min: 0.45 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.02 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2825 / Rsym value: 0.469 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
MAR345Version 1.2.11データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DCL

1dcl


解像度: 2.9→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: PARAMETERS FOR PYROGLUTAMIC ACID AND PHENOL WERE OBTAINED FROM HETERO-COMPOUND INFORMATION CENTRE - UPPSALA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1820 7 %random
Rwork0.235 ---
all0.238 26170 --
obs0.238 26170 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 49.0414 Å2 / ksol: 0.347328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147 Å2 / Biso mean: 68.3 Å2 / Biso min: 16.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å2-9.83 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----1.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.38 Å
Luzzati d res low-4.5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.58 Å
Luzzati d res high-2.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6384 0 59 16 6459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0078
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.44
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.52
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 167 7.2 %
Rwork0.345 2137 -
all-2841 -
obs-2303 81.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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