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- PDB-2oma: Crystallographic analysis of a chemically modified triosephosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oma
タイトルCrystallographic analysis of a chemically modified triosephosphate isomerase from Trypanosoma cruzi with dithiobenzylamine (DTBA)
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Triosephosphate isomerase / Trypanosoma cruzi / protein interfaces / dithiobisbenzylamine
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Gomez-Puyou, A.
引用
ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2007
タイトル: Perturbation of the Dimer Interface of Triosephosphate Isomerase and its Effect on Trypanosoma cruzi.
著者: Olivares-Illana, V. / Rodriguez-Romero, A. / Becker, I. / Berzunza, M. / Garcia, J. / Perez-Montfort, R. / Cabrera, N. / Lopez-Calahorra, F. / de Gomez-Puyou, M.T. / Gomez-Puyou, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Inactivation of triosephosphate isomerase from trypanosoma cruzi by an agent AN AGENT THAT PERTURBS ITS DIMER INTERFACE.
著者: Tellez-Valencia, A. / Olivares-Illana, V. / Hernandez-Santoyo, A. / Perez-Montfort, R. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Lopez-Calahorra, F. / Tuena de Gomez-Puyou, M. / Gomez-Puyou, A.
履歴
登録2007年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,03815
ポリマ－54,7052
非ポリマー1,33313
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.206, 75.337, 146.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose- phosphate isomerase


分子量: 27352.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: MEXICAN NINOA STRAIN / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23(DE3) / 参照: UniProt: P52270, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 5 MICROL OF THE PROTEIN SOLUTION WERE MIXED WITH 5 MICROL OF 2 % POLYETHYLENE GLYCOL 400, 0.1 M HEPES, 2.0M AMMONIUM SULFATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K, PH 7.50. ...詳細: 5 MICROL OF THE PROTEIN SOLUTION WERE MIXED WITH 5 MICROL OF 2 % POLYETHYLENE GLYCOL 400, 0.1 M HEPES, 2.0M AMMONIUM SULFATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K, PH 7.50. CRYSTAL SOAKED IN DITHIOBENZYLAMINE

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月3日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→41.45 Å / Num. obs: 23141 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TCD

1tcd


解像度: 2.15→41.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 5.324 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOMS ARE ASSIGNED REDUCED OCCUPANCIES WHEN ELECTRON DENSITY IS WEAK OR ATOMS HAVE PARTIAL OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1248 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 23141 91 %-
all-25429 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.788 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3846 0 76 267 4189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0224002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.9655431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3065498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.224.096166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88115662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4241526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5881.52578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73324001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09631654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3424.51430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 76 -
Rwork0.213 1783 -
obs--96.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0382-0.0488-0.13420.36340.11990.48090.00630.01790.0241-0.04190.03020.0024-0.03310.0082-0.0365-0.00390.0136-0.0093-0.0180.0005-0.00543.6386-0.0798-4.8227
20.18050.1087-0.1450.14370.00030.2145-0.03070.0136-0.00660.022-0.0026-0.0457-0.0398-0.0660.0333-0.02370.0101-0.004-0.0124-0.0189-0.006313.3632-20.4982-31.7605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2511 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2511 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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