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万見
- PDB-2olv: Structural Insight Into the Transglycosylation Step Of Bacterial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2olv
タイトルStructural Insight Into the Transglycosylation Step Of Bacterial Cell Wall Biosynthesis : Donor Ligand Complex
要素Penicillin-binding protein 2
キーワードTRANSFERASE / transpeptidase fold / glycosyltransferase family 51 / lysozyme fold
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) - #20 / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain ...Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) - #20 / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOENOMYCIN / : / Glycosyl transferase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lovering, A.L. / De Castro, L. / Lim, D. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structural insight into the transglycosylation step of bacterial cell-wall biosynthesis.
著者: Lovering, A.L. / de Castro, L.H. / Lim, D. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2007年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999Residue 59 is an initiating methionine and a modified residue

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 2
B: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,4414
ポリマ－149,2802
非ポリマー3,1612
水00
1
A: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2212
ポリマ－74,6401
非ポリマー1,5811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2212
ポリマ－74,6401
非ポリマー1,5811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.565, 212.211, 91.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALALEULEU2AA67 - 2809 - 222
21ALAALALEULEU2BB67 - 2809 - 222
32ASNASNHISHIS4AA300 - 692242 - 634
42ASNASNHISHIS4BB300 - 692242 - 634

-
要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 2


分子量: 74640.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: pbp2 / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta lambda DE3
参照: UniProt: Q2YY56, UniProt: Q9R744*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-M0E / MOENOMYCIN / MOENOMYCIN


分子量: 1580.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H106N5O34P / コメント: 抗生剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM Na citrate, 0.1M NaCl, 0.1M MgCl2, 12% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月1日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.151 Å / Num. obs: 39086 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. measured all: 27580 / Num. unique all: 5661 / Rsym value: 0.565 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→44.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 44.767 / SU ML: 0.384 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1955 5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.231 ---
obs0.234 39038 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1 Å20 Å20 Å2
2---5.48 Å20 Å2
3---11.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9710 0 168 0 9878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9713679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8833.00316312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65651231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.09525.431499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.534151687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2211534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.22535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.26918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.24964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.25356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2930.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6481.56330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0951.52520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00329810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02334405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5274.53869
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1213TIGHT POSITIONAL0.030.05
6809MEDIUM POSITIONAL0.340.5
1213TIGHT THERMAL0.040.5
6809MEDIUM THERMAL0.372
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 146 -
Rwork0.428 2719 -
obs-2865 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.29070.8293-3.42615.3719-0.98462.1678-1.0105-0.71650.9108-0.74850.5437-0.62950.57060.32110.4668-0.1548-0.1415-0.1342-0.38740.09920.3965-17.349187.4747-5.1398
210.5515-6.00693.93034.09072.182230.5792-0.5112.38230.324-0.6301-0.460.6078-0.9464-1.22370.971-0.0111-0.1761-0.035-0.04570.1653-0.0367-35.985588.4867-16.9055
32.5568-0.9322-0.68621.79180.17920.7346-0.3467-0.3296-0.74120.10160.14880.183-0.08630.03670.1979-0.1051-0.01820.1295-0.04350.0607-0.0366-20.261433.1603-4.027
410.59571.72032.75778.88141.11364.0815-0.8547-0.43160.0233-0.89540.34341.2655-0.5393-0.2860.5113-0.2903-0.1527-0.1181-0.6267-0.03970.1474-22.631418.051646.8835
55.44981.1159-3.76265.082310.186627.3324-0.75542.7023-0.3524-0.29720.31730.466-0.34481.96030.4382-0.0146-0.1007-0.1499-0.0406-0.1415-0.0552-3.704215.054735.9731
63.0789-0.5310.74281.6744-0.05690.9412-0.1702-0.04920.46640.00970.0869-0.0965-0.0054-0.00910.0834-0.19150.0019-0.0457-0.22130.0374-0.1495-19.751771.643937.7915
75.25456.1256-2.64727.2757-4.10128.9929-0.48053.7467-1.14810.7954-0.72410.3945-1.00350.60531.2045-0.00060.0011-0.00020.0003-0.0034-0.001-19.465786.2054-20.4487
82.83756.2183-4.248613.6274-9.31076.36151.97663.96421.20661.2308-4.1802-0.05860.8434-0.69632.2036-0.0001-0.00160.0041-0.00090.0072-0.0014-20.147316.290331.4212
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA69 - 7311 - 15
21AA92 - 12134 - 63
31AA184 - 289126 - 231
42AA147 - 15789 - 99
52AA167 - 183109 - 125
63AA74 - 8916 - 31
73AA292 - 692234 - 634
84BB69 - 7311 - 15
94BB92 - 12134 - 63
104BB184 - 289126 - 231
115BB147 - 15789 - 99
125BB167 - 183109 - 125
136BB74 - 8916 - 31
146BB292 - 692234 - 634
157AC9011
168BD9011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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