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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ol0 | ||||||
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タイトル | High Resolution Crystal Structures of Vaccinia Virus dUTPase | ||||||
![]() | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Fold / jelly-roll / Superfamily / dUTPase-like / forms tight trimer through an additional beta-sheet in each subunit / subunit beta-sheets are orthogonally packed around the three-fold axis | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schormann, N. / Chattopadhyay, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of vaccinia virus dUTPase and its nucleotide complexes. 著者: Samal, A. / Schormann, N. / Cook, W.J. / Delucas, L.J. / Chattopadhyay, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains a homo-trimer with monomers related by non-crystallographic symmetry. This homo-trimer constitutes the biological assembly. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 16315.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: DUT / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 29692147, UniProt: A4GD96*PLUS, dUTP diphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 214分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DUD.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DUD.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→19.94 Å / Num. obs: 24014 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2OKD 解像度: 2.1→19.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 10.539 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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