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- PDB-2okf: CRYSTAL STRUCTURE OF A FDXN ELEMENT EXCISION CONTROLLING FACTOR P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2okf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A FDXN ELEMENT EXCISION CONTROLLING FACTOR PROTEIN (AVA_3312) FROM ANABAENA VARIABILIS AT 1.60 A RESOLUTION
要素FdxN element excision controlling factor protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / XISH PROTEIN / FDXN ELEMENT EXCISION CONTROLLING FACTOR PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
XisH protein / XisH protein / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FdxN element excision controlling factor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena variabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Site-specific recombination of nitrogen-fixation genes in cyanobacteria by XisF-XisH-XisI complex: Structures and models.
著者: Hwang, W.C. / Golden, J.W. / Pascual, J. / Xu, D. / Cheltsov, A. / Godzik, A.
履歴
登録2007年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32014年9月10日Group: Database references
改定 1.42014年9月24日Group: Database references
改定 1.52017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.62023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FdxN element excision controlling factor protein
B: FdxN element excision controlling factor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,71615
ポリマ－31,9682
非ポリマー74813
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.810, 59.810, 73.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ARG / End label comp-ID: ASN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 4 - 139 / Label seq-ID: 5 - 140

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 FdxN element excision controlling factor protein


分子量: 15984.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabaena variabilis (バクテリア)
株: PCC 7937 / 遺伝子: YP_323815.1, Ava_3312 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q3M7W6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: NANODROP, 0.2M (NH4)2SO4, 25.0% PEG 4000, 0.1M Acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162, 0.97937, 0.97905
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979371
30.979051
反射解像度: 1.6→25.898 Å / Num. obs: 38600 / % possible obs: 96.3 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 12.07
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.6-1.660.2423.213902722488.7
1.66-1.720.1953.912649653993.6
1.72-1.80.1515.114506750894.3
1.8-1.90.1096.915084781596.1
1.9-2.020.0789.514613756597.1
2.02-2.170.05811.914155732898.1
2.17-2.390.04315.514928773398.7
2.39-2.730.04317.314507757198.8
2.730.03320.914794771999.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→25.898 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.185 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.066
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. TWO CHLORIDE IONS, TWO ACETATE IONS, AND NINE ETHYLENE GLYCOL MOLECULES WERE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 5. RESIDUES 1-3 AND 37-43 FROM BOTH CHAINS ARE DISORDERED AND WERE NOT BUILT IN THIS MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.155 1937 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
all0.143 ---
obs0.143 38571 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 0 46 285 2394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.9613073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86634971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8035289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81525.514107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.72415406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.322158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.3446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.32222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.51115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.51293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2250.5372
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.08231445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4213543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.69452208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1468988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.48211848
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2036 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.040.05
TIGHT THERMAL0.130.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 139 -
Rwork0.161 2650 -
obs-2789 97.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9026-0.8036-0.84990.80110.1870.80630.04210.02490.1124-0.03110.011-0.1068-0.1060.0863-0.0532-0.1435-0.01280.0171-0.0772-0.0141-0.10570.85814.83817.762
21.7852-0.8877-0.65340.95770.64230.92820.0269-0.04650.15520.01230.03-0.0526-0.13110.0574-0.0569-0.08790.01960.0184-0.1404-0.0091-0.1069-17.47825.46634.558
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 4 - 139 / Label seq-ID: 5 - 140

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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