PDB-2okd: High Resolution Crystal Structures of Vaccinia Virus dUTPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2okd

タイトル

High Resolution Crystal Structures of Vaccinia Virus dUTPase

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Fold / jelly-roll / Superfamily / dUTPase-like / forms tight trimer through an additional beta-sheet in each subunit / subunit beta-sheets are orthogonally packed around the three-fold axis

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Schormann, N. / Chattopadhyay, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of vaccinia virus dUTPase and its nucleotide complexes.
著者: Samal, A. / Schormann, N. / Cook, W.J. / Delucas, L.J. / Chattopadhyay, D.

履歴

登録	2007年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2okd.cif.gz	87.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2okd.ent.gz	67 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2okd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2okd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2okd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2okbSC 2okeC 2ol0C 2ol1C 1q5u S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5h4j-1 2xy3-1 2baz-d 2xx6-1 2hqu-d 2ol0-d 2xce-2 5f9k-d 1seh-1 3h6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

49.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.010, 120.010, 50.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

The asymmetric unit contains a homo-trimer with monomers related by non-crystallographic symmetry. This homo-trimer constitutes the biological assembly.

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16315.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: DUT / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: GenBank: 29692147, UniProt: A4GD96*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16130 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / R_sym value: 0.134 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / R_sym value: 0.423 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0011	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OKB

2okb

解像度: 2.4→19.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 22.01 / SU ML: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	753	4.9 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.209	14683	97.5 %	-
all	-	14683	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2911	0	17	118	3046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.011	1.985	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.997	5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.271	23.381	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.41	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.264	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.3	1.5	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.549	2	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.751	3	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.294	4.5	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	51	-
R_work	0.295	1002	-
obs	-	-	95.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.426	0.3263	-0.1682	1.4917	0.2103	1.7188	-0.0121	0.0171	-0.005	-0.2011	0.0692	0.0115	0.1145	-0.1901	0.1347	-0.0868	-0.0294	0.0058	-0.0667	-0.0253	0.0202	14.055	-31.977	6.348
2	3.3895	0.5432	0.256	1.0749	0.297	0.9943	-0.0007	-0.0467	0.0474	-0.0115	-0.2063	0.0226	0.1391	0.0775	-0.0524	-0.0853	-0.0092	0.0214	-0.101	-0.0038	0.0225	2.358	-47.712	4.103
3	1.4651	0.45	-0.3241	1.0323	-0.7747	2.1284	-0.0411	0.0083	0.0327	0.0562	-0.0318	-0.0597	-0.0439	0.0129	-0.0426	-0.0845	0.0017	0.0083	-0.074	-0.02	0.0005	15.076	-42.821	-10.107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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