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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ok7 | ||||||
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タイトル | Ferredoxin-NADP+ reductase from Plasmodium falciparum with 2'P-AMP | ||||||
![]() | Putative ferredoxin--NADP reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / disulfide-stabilized dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferredoxin-NAD(P) reductase activity / regulation of isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / apicoplast / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / FAD binding / electron transfer activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Milani, M. / Mastrangelo, E. / Bolognesi, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ferredoxin-NADP(+) Reductase from Plasmodium falciparum Undergoes NADP(+)-dependent Dimerization and Inactivation: Functional and Crystallographic Analysis. 著者: Milani, M. / Balconi, E. / Aliverti, A. / Mastrangelo, E. / Seeber, F. / Bolognesi, M. / Zanetti, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 332.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 268.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37315.988 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Plasmodium falciparum / 株: isolate 3D7 / 遺伝子: ORF PFF1115w / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6LF82, UniProt: C6KT68*PLUS, ferredoxin-NADP+ reductase #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-A2P / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000 25%, buffer Na cacodylate, Na acetate 0.2 M, pH 6., microbatch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→60 Å / Num. all: 61398 / Num. obs: 61398 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 8933 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1jb9 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.817 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.392 / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.137 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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