PDB-2oix: Xanthomonas XopD C470A Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oix

タイトル

Xanthomonas XopD C470A Mutant

要素

Xanthomonas outer protein D

キーワード

HYDROLASE / Clan CE Family 48 Cysteine protease / Type III secreted effector / deSUMOylating enzyme / secreted virulence facter / peptidase activity / isopeptidase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

deNEDDylase activity / protein deneddylation / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Machius, M. / Orth, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of Xanthomonas XopD provides insights into substrate specificity of ubiquitin-like protein proteases.
著者: Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Mukherjee, S. / Negi, V.S. / Machius, M. / Orth, K.

履歴

登録	2007年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oix.cif.gz	51.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oix.ent.gz	37 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2oix_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oix_full_validation.pdf.gz	428 KB	表示
XML形式データ	2oix_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	2oix_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oivSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ge1-2 2g03-d 6t5k-d 4hfo-8 4hfo-2 1xcm-d 2x5n-d 4ge1-4 5a3g-d 4q03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Xanthomonas outer protein D

20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.953, 91.953, 45.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Xanthomonas outer protein D 分子量: 20731.051 Da / 分子数: 1 断片: catalytic fragment, inactive mutant (Residues 335-520) 変異: C470A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア) 遺伝子: xopD / プラスミド: pGEX-rTEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: Q3BYJ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Xanthomonas outer protein D

分子量: 20731.051 Da / 分子数: 1
断片: catalytic fragment, inactive mutant (Residues 335-520)
変異: C470A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア)
遺伝子: xopD / プラスミド: pGEX-rTEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: Q3BYJ5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 75 mM KCl, and 0.5 mM DTT and 1.4 - 1.6 M sodium potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97905 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月24日 / 詳細: None
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25.33 Å / Num. all: 17346 / Num. obs: 17346 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 30.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2OIV

2oiv

解像度: 1.8→25.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 7.85 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25903	513	3 %	RANDOM
R_work	0.21047	-	-	-
all	0.21191	17317	-	-
obs	0.21191	16804	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.5 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.14 Å	0.148 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1408	0	0	91	1499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.948	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.576	5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.339	23.506	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.385	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.876	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.084	1.5	904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.703	2	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.377	3	597
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.468	4.5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	28	-
R_work	0.281	987	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0742	4.8365	-10.8207	19.4344	-7.7902	14.6049	-0.0849	1.3498	0.2634	-1.3532	0.8049	1.6147	0.1696	-2.1068	-0.72	0.0977	-0.1566	-0.1344	0.2539	0.0072	0.0019	-34.0224	40.7159	3.2395
2	2.7938	0.581	-0.2105	1.6025	0.1366	3.3337	-0.1153	0.2666	-0.431	-0.0611	0.0315	-0.3978	0.5104	0.0176	0.0838	0.1477	-0.019	0.0143	0.0244	-0.0225	0.1145	-19.3708	36.9042	12.1477
3	27.4027	3.0554	-1.9383	0.5095	0.8055	8.9722	0.5673	-1.1769	-0.8143	0.8351	-0.5837	0.0131	1.5172	-0.7953	0.0164	0.3913	-0.242	-0.0156	0.0432	0.027	-0.1315	-30.5127	36.339	27.035
4	4.2944	-0.1335	0.7373	3.2276	-0.8688	2.4413	0.0065	-0.2572	-0.03	0.0784	-0.0264	0.0792	0.1465	-0.1228	0.02	0.1224	-0.0126	-0.0072	0.1291	-0.0107	0.046	-22.916	46.9139	18.5106
5	32.5168	10.7212	-8.8759	7.9043	3.8798	13.0254	1.2684	0.5575	2.5663	0.0449	-0.9918	2.7311	-1.1438	-0.8753	-0.2766	0.1776	0.0999	-0.017	0.2021	0.0497	0.1758	-33.6681	58.4397	9.3445
6	4.2811	-0.5098	-0.1652	2.56	-0.1838	3.9615	0.0807	-0.2066	0.3843	0.0702	-0.0579	0.1522	-0.0949	-0.004	-0.0228	0.0743	-0.007	0.0114	0.0573	-0.0637	0.0943	-28.3261	53.1306	21.2439
7	5.3706	2.6572	0.0333	2.7266	0.7712	3.3587	-0.204	0.3153	0.0855	-0.2622	0.0621	-0.0626	-0.0453	-0.0708	0.1419	0.1421	-0.0314	0.0047	0.1106	0.0353	0.0363	-17.3672	49.7385	8.4038
8	9.3734	5.2891	0.9749	9.387	2.859	8.368	-0.6866	1.2864	-0.4237	-1.4075	0.6741	0.0831	0.3079	-0.0235	0.0125	0.1424	-0.1593	0.0233	0.2376	0.0201	-0.1094	-22.6162	42.5339	-1.8924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	336 - 343	2 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	344 - 374	10 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	375 - 393	41 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	394 - 429	60 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	430 - 435	96 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	436 - 463	102 - 129
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	464 - 499	130 - 165
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	500 - 515	166 - 181

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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