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- PDB-2oid: Crystal structure of IRAK4 kinase domain complexed with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oid
タイトルCrystal structure of IRAK4 kinase domain complexed with AMPPNP
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / kinase activity / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Villasenor, A.G. / Browner, M.F.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2007
タイトル: Cutting Edge: IL-1 Receptor-Associated Kinase 4 Structures Reveal Novel Features and Multiple Conformations.
著者: Kuglstatter, A. / Villasenor, A.G. / Shaw, D. / Lee, S.W. / Tsing, S. / Niu, L. / Song, K.W. / Barnett, J.W. / Browner, M.F.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8508
ポリマ－135,8254
非ポリマー2,0254
水5,026279
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4622
ポリマ－33,9561
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4622
ポリマ－33,9561
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4622
ポリマ－33,9561
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4622
ポリマ－33,9561
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.116, 138.973, 89.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit contains 4 kinase-ligand complexes, each of which represents one biological unit.

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / NY- REN-64 antigen


分子量: 33956.195 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.3M sodium malonate, 0.1M sodium acetate, 0.01M DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 63527 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 2OIB

2oib


解像度: 2.3→49.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 21.997 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29542 3217 5.1 %RANDOM
Rwork0.24096 ---
obs0.24381 60299 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.63 Å20 Å20.75 Å2
2---2.31 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8518 0 124 279 8921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.99411883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66351057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.91125.235405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.34415.0381583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3721539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.24417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.25975
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3410.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.510.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.55483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2428598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51133687
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4534.53285
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 215 -
Rwork0.338 4381 -
obs--97.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.1556 Å / Origin y: -16.4864 Å / Origin z: 17.7119 Å
111213212223313233
T-0.0631 Å2-0.0182 Å20.0092 Å2--0.0864 Å20.0213 Å2---0.0816 Å2
L0.6089 °2-0.0866 °20.0617 °2-0.3969 °20.1137 °2--0.5947 °2
S-0.0222 Å °-0.1038 Å °-0.0928 Å °0.015 Å °-0.0039 Å °0.0001 Å °-0.1012 Å °0.1283 Å °0.0262 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA164 - 4585 - 299
2X-RAY DIFFRACTION1BB164 - 4595 - 300
3X-RAY DIFFRACTION1CC166 - 4587 - 299
4X-RAY DIFFRACTION1DD164 - 4595 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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