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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oid | ||||||
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タイトル | Crystal structure of IRAK4 kinase domain complexed with AMPPNP | ||||||
要素 | Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kuglstatter, A. / Villasenor, A.G. / Browner, M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2007 タイトル: Cutting Edge: IL-1 Receptor-Associated Kinase 4 Structures Reveal Novel Features and Multiple Conformations. 著者: Kuglstatter, A. / Villasenor, A.G. / Shaw, D. / Lee, S.W. / Tsing, S. / Niu, L. / Song, K.W. / Barnett, J.W. / Browner, M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oid.cif.gz | 230.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oid.ent.gz | 185.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oid | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains 4 kinase-ligand complexes, each of which represents one biological unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33956.195 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.3M sodium malonate, 0.1M sodium acetate, 0.01M DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97943 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 63527 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 8.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 2OIB 解像度: 2.3→49.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 21.997 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.347 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.1556 Å / Origin y: -16.4864 Å / Origin z: 17.7119 Å
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精密化 TLSグループ |
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