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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ohn | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of beta secretase complexed with 4-(4-fluorobenzyl)piperidine | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / ALZHEIMER'S DISEASE (アルツハイマー病) / ASPARTIC PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / BASE / BETA-SECRETASE (Β-セクレターゼ) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / MEMAPSIN 2 (Β-セクレターゼ1) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / ZYMOGEN (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 小胞体 / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Patel, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007 タイトル: Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase. 著者: Murray, C.W. / Callaghan, O. / Chessari, G. / Cleasby, A. / Congreve, M. / Frederickson, M. / Hartshorn, M.J. / McMenamin, R. / Patel, S. / Wallis, N. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN THERE IS AN EXTRA ATOM H12 IN MOLECULE 4FP. AUTHOR STATES THAT THE MOLECULE 4FP IS ... HETEROGEN THERE IS AN EXTRA ATOM H12 IN MOLECULE 4FP. AUTHOR STATES THAT THE MOLECULE 4FP IS PROTONATED (CHARGED) UNDER THE PH CONDITIONS OF THE EXPERIMENT, AND THIS PROTONATION STATE IS CRITICAL TO THE BINDING MODE OBSERVED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ohn.cif.gz | 96.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ohn.ent.gz | 72.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ohn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/2ohn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/2ohn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44841.395 Da / 分子数: 1 / 断片: protease domain / 変異: R56K, R57K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 化合物 | ChemComp-4FP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 20-22.5% (w/v) PEG 5000 monomethylether (MME), 200 mM sodium citrate (pH 6.6), 200 mM ammonium iodide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→47.79 Å / Num. all: 29243 / Num. obs: 29243 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.085 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1W50 解像度: 2.15→47.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 6.677 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.333 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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