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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oh1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of acetyltransferase GNAT family (YP_013287.1) from Listeria monocytogenes 4b F2365 at 1.46 A resolution | ||||||
![]() | Acetyltransferase, GNAT family | ||||||
![]() | TRANSFERASE / YP_013287.1 / acetyltransferase GNAT family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Unknown ligand / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of acetyltransferase GNAT family (YP_013287.1) from Listeria monocytogenes 4b F2365 at 1.46 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1,2,3,4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1,2,3,4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). AUTHORS STATE THAT THE STATIC LIGHT SCATTERING WITH ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY MEASUREMENTS INDICATE THAT THE MONOMER IS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (SEQUENCE NUMBER 0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20884.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Listeria monocytogenes / 株: F2365 / 遺伝子: YP_013287.1, LMOf2365_0683 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q722P7, 転移酵素; アシル基を移すもの #2: 化合物 | 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7 詳細: NANODROP, 1.0M Na Citrate, 0.2M NaCl, 0.1M TRIS pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING) | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT (HORIZONTAL FOCUSING) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.46→46.225 Å / Num. obs: 125870 / % possible obs: 89.6 % / Biso Wilson estimate: 25.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.54 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / % possible all: 52.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. UNIDENTIFIED ELECTRON DENSITY FOUND NEAR THE ACTIVE SITE WAS MODELED AS AN UNKNOWN LIGAND (UNL). 5. THE ELECTRON DENSITIES SHOW THAT RESIDUES SER42 AND THR43 IN SUBUNIT A ARE DISORDERED, AND THESE RESIDUES WERE MODELED BASED ON THE MODEL FOR THE NCS-RELATED B SUBUNIT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→46.225 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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