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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oga | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of S. venezuelae DesV in complex with ketimine intermediate | ||||||
![]() | Transaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / PLP-dependent enzyme / desosamine / transaminase / deoxysugars / antibiotics | ||||||
機能・相同性 | ![]() dTDP-3-amino-3,4,6-trideoxy-alpha-D-glucose transaminase / macrolide biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holden, H.M. / Burgie, E.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular architecture of DesV from Streptomyces venezuelae: A PLP-dependent transaminase involved in the biosynthesis of the unusual sugar desosamine. 著者: Burgie, E.S. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 319.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 254.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 74.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 103.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | homodimer. asymmetric unit is comprised of two homodimers, A+B, and C+D |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 43594.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: desV / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1025分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-PGU / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 6 詳細: 12% PEG 3400, 1% ethylene glycol, 50 mM MES, 75 mM NaCl, pH 6.0, batch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER PROTEUM / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月6日 / 詳細: Montel |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→36 Å / Num. all: 80130 / Num. obs: 80130 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 8870 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 71.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.428 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→36 Å
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