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万見
- PDB-2ofz: Ultrahigh Resolution Crystal Structure of RNA Binding Domain of S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ofz
タイトルUltrahigh Resolution Crystal Structure of RNA Binding Domain of SARS Nucleopcapsid (N Protein) at 1.1 Angstrom Resolution in Monoclinic Form.
要素Nucleocapsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS CORONAVIRUS NUCLEOCAPSID RNA BINDING N-TERMINAL DOMAIN / N PROTEIN / SARS-ORF9A
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-1-host interactions / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / viral RNA genome packaging / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Attachment and Entry ...SARS-CoV-1-host interactions / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / viral RNA genome packaging / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / molecular adaptor activity / host cell Golgi apparatus / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SARS coronavirus Tor2 (SARSコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Saikatendu, K. / Joseph, J. / Subramanian, V. / Neuman, B. / Buchmeier, M. / Stevens, R.C. / Kuhn, P.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Ribonucleocapsid formation of severe acute respiratory syndrome coronavirus through molecular action of the N-terminal domain of N protein.
著者: Saikatendu, K.S. / Joseph, J.S. / Subramanian, V. / Neuman, B.W. / Buchmeier, M.J. / Stevens, R.C. / Kuhn, P.
履歴
登録2007年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4542
ポリマ－15,3921
非ポリマー621
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.571, 36.440, 47.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein / N structural protein / NC


分子量: 15392.127 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA BINDING DOMAIN OF SARS NUCLEOCAPSID / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus Tor2 (SARSコロナウイルス)
属: Coronavirus / 生物種: SARS coronavirus / 株: TOR-2 / 遺伝子: N / プラスミド: PMH1-F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: P59595
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.24 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG 2000MME, 0.2 M sodium bromide, 0.1 M sodium acetate, bcip ADDITIVE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→47.57 Å / Num. obs: 40016 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 11.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.19
反射 シェル解像度: 1.17→1.2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 2882 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 99.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: structure of homolog from infectious bronchitis virus PDB:2BTL

2btl


解像度: 1.17→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.123 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19132 2131 5.1 %RANDOM
Rwork0.16244 ---
all0.1638 40016 --
obs0.16389 40016 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20.05 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.054 Å0.041 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.244 Å0.221 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 0 4 185 1289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.9491560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8365144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65722.54555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6115176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2291511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3240.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4790.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1661.5702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7721127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2863491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2084.5433
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.27131193
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.0873185
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.9531105
LS精密化 シェル解像度: 1.172→1.202 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 173 -
Rwork0.207 2882 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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